Aufgrund seiner Forschungen zur Geschichte der deutsch-türkischen wissenschaftlichen Beziehungen in der Medizin erhielt Gerabek 1998 in Istanbul von der Medizinischen Fakultät der Militärmedizinischen Akademie Gülhane die Atatürk-Plakette verliehen.
Gerabek hat bislang mehr als 400 Schriften veröffentlicht und zahlreiche Dissertationen an den Universitäten in Würzburg und Regensburg als Doktorvater betreut. Barbara Huber, eine Doktorandin Gerabeks, erhielt für ihre Dissertation über den SS-Zahnarzt Willy Frank 2008 den „Forschungspreis zur Rolle der Ärzteschaft in der Zeit des Nationalsozialismus“ der Bundesärztekammer.[10]
Naturphilosophie und Dichtung bei Jean Paul. Das Problem des Commercium mentis et corporis. Akademischer Verlag, Stuttgart 1988, ISBN 3-88099-206-1 (Dissertation, Universität Würzburg, 1987).
Jean Paul und die Physiognomik. In: Sudhoffs Archiv. Zeitschrift für Wissenschaftsgeschichte. Band 73, 1989, S. 1–11.
Heilkundliches in der Tegernseer Briefsammlung aus dem 11. Jahrhundert. In: Würzburger medizinhistorische Mitteilungen. Band 8, 1990, S. 15–25.
Deutsch-türkische Kulturbeziehungen: Alfred Kantorowicz und sein Schüler Lem’i Belger. In: Zahnärztliche Mitteilungen. Band 80, 1990, S. 786–793.
Der Leipziger Physiologe Carl Ludwig und die medizinische Instrumentation. In: Sudhoffs Archiv. Zeitschrift für Wissenschaftsgeschichte. Band 75, 1991, S. 171–179.
Schenck, Johann, von Würzburg. Wundarzt in Trier, 15. Jh. In: Die deutsche Literatur des Mittelalters. Verfasserlexikon. 2. Auflage, hrsg. von Kurt Ruh und anderen. Band 8. Walter de Gruyter, Berlin / New York 1991, Sp. 637–639.
Der Weg zur Bismarckschen Invaliditäts- und Altersversicherung aus medizinhistorischer Sicht. In: Würzburger medizinhistorische Mitteilungen. Band 10, 1992, S. 331–356.
Ersten medizinhistorischen Lehrstuhl geschaffen: Würzburger Arzt Friedrich Christian Helfreich feierte am 17. September seinen 150. Geburtstag. In: Fränkisches Volksblatt. Nr. 281 vom 5. Dezember 1992, S. 55.
Mit 23 Jahren schon Doktor der Medizin: Würzburger Medizinhistoriker und Augenarzt Helfreich wurde vor 150 Jahren geboren. In: Mainpost. Nr. 244 vom 22. Oktober 1992, S. 16.
Zum 150. Geburtstag des Würzburger Medizinhistorikers und Augenarztes Friedrich Helfreich. In: Blick. 1, 1993, S. 14–15.
Friedrich Wilhelm Joseph Schelling und die Medizin der Romantik. Studien zu Schellings Würzburger Periode (= Europäische Hochschulschriften: Reihe 7, Medizin: Abt. B, Geschichte der Medizin. Band 7). Peter Lang, Frankfurt am Main 1995, ISBN 3-631-48865-3 (Zugleich Habilitationsschrift, Universität Würzburg, 1995).
„Das Sterben ist das letzte Magnetisieren“ oder Die Wandlungen des Mesmerismus. In: Schriftenreihe der Deutschen Gesellschaft für Geschichte der Nervenheilkunde. 1, 1996, S. 133–138.
Der Würzburger Arzt und Naturgelehrte Philipp Franz von Siebold. Der Begründer der modernen Japanforschung. In: Würzburger medizinhistorische Mitteilungen. Band 14, 1996, S. 153–160.
Die Verdienste deutscher Mediziner bei der Verwirklichung der Universitätsreform von Atatürk (1933). In: Arslan Terzioglu, Erwin Lucius (Hrsg.): Verhandlungen des Symposions über die Universitätsreform von Atatürk und die Medizin zu dieser Zeit. 25. Oktober 1996. Istanbul 1997 (= Acta Turcica Historiae Medicinae. Band 4), S. 31–39.
Karl Philipp Moritz (1756–1793) – Ein Pionier der Seelenheilkunde. In: Schriftenreihe der Deutschen Gesellschaft für Geschichte der Nervenheilkunde. 5, 1999, S. 17–26.
The tooth-worm: historical aspects of a popular medical belief. In: Clinical Oral Investigations. Band 3, 1999, Heft 1, S. 1–6.
mit August Heidland und K. Sebekova: Franz Volhard and Theodor Fahr: achievements and controversies in their research in renal disease and hypertension. In: Journal of Human Hypertension. Band 15, 2001, S. 5–16.
Lorenz Oken und die Medizin der Romantik. Die Würzburger Zeit des Naturforschers (1804–1805). In: Olaf Breidbach, Hans-Joachim Fliedner, Klaus Ries (Hrsg.): Lorenz Oken (1779–1851). Ein politischer Naturphilosoph. Weimar 2001, S. 52–72.
zahlreiche Beiträge in Werner E. Gerabek, Bernhard Dietrich Haage, Gundolf Keil, Wolfgang Wegner (Hrsg.): Enzyklopädie Medizingeschichte. De Gruyter, Berlin / New York (2004) 2005, ISBN 3-11-015714-4; 2. Auflage in drei Bänden ebenda 2007.
Zahnpflege. In: Reallexikon der Germanischen Altertumskunde. Begründet von Johannes Hoops. 2., völlig neu bearbeitete und stark erweiterte Auflage. Hrsg. von Heinrich Beck, Dieter Geuenich u. a. Band 34. Walter de Gruyter, Berlin / New York 2006, S. 419–422.
Das Gesundheitswesen der Stadt Würzburg. In: Ulrich Wagner (Hrsg.). Geschichte der Stadt Würzburg. Vom Übergang an Bayern 1814 bis zum 21. Jahrhundert. Band III, 1, S. 770–776, und Band III, 2, S. 1332, Stuttgart 2007.
Romantische Medizin und Religiosität. In: Peter Dinzelbacher (Hrsg.): Mystik und Natur. Zur Geschichte ihres Verhältnisses vom Altertum bis zur Gegenwart. Walter de Gruyter, Berlin / New York 2009 (= Theophrastus Paracelsus Studien. Band 1), S. 141–154.
Der Marburger Rassenhygieniker und Bakteriologe Prof. Dr. med. Wilhelm Pfannenstiel. In: Von der Ausgrenzung zur Deportation in Marburg und im Landkreis Marburg-Biedenkopf. Neue Beiträge zur Verfolgung und Ermordung von Juden und Sinti im Nationalsozialismus. Ein Gedenkbuch. Hrsg. von Klaus-Peter Friedrich im Auftrag der Geschichtswerkstatt, Marburg 2017, S. 417–424.
als Herausgeber:
mit Dietmar Willoweit, Gundolf Keil und anderen: Würzburger Dissertationen (1581–1803). Ausstellungskatalog (= Kleine Drucke der Universitätsbibliothek Würzburg. Band 14). Universitätsbibliothek Würzburg, Würzburg 1992.
mit Josef Domes, Bernhard D. Haage, Christoph Weißer und Volker Zimmermann: Licht der Natur. Medizin in Fachliteratur und Dichtung. Festschrift für Gundolf Keil zum 60. Geburtstag. Kümmerle, Göppingen 1994, ISBN 3-87452-829-4.
mit Bernhard Dietrich Haage, Gundolf Keil und Wolfgang Wegner: Enzyklopädie Medizingeschichte. De Gruyter, Berlin / New York (2004) 2005, ISBN 3-11-015714-4 (ISBN 978-3-11-015714-7); 2. Auflage in drei Bänden (bei gleicher Seitenzählung) ebenda 2007 und 2009.
mit Ludwig Schießl, Manfred Jähne, Michael Nerlich, Thomas Richter und Christoph Weißer (Hrsg.): Doktor Eisenbarth (1663–1727). Ein Meister seines Fachs: Medizinhistorische Würdigung des barocken Wanderarztes zum 350. Geburtstag. Deutscher Wissenschafts-Verlag (DWV), Baden-Baden 2013. ISBN 3-86888-064-X.
↑Horst Kant und andere: Harenberg Lexikon der Nobelpreisträger. Alle Preisträger seit 1901. Ihre Leistungen, ihr Leben, ihre Wirkung. Hrsg. vom Harenberg Lexikon Verlag. Harenberg, Dortmund 1998.
↑Werner E. Gerabek: Die Edition des medizinhistorischen „Pschyrembel“. Ein lexikographischer Werkstattbericht. In: Würzburger medizinhistorische Mitteilungen. Band 18, 1999, S. 15–17.