Von 1986 bis zum Jahr 2000 war er hauptamtlicher Kirchenmusiker an der Markuskirche in Köln-Porz sowie Leiter des Porzer Kammerorchesters. Im Jahr 1999 erfolgte seine Ernennung zum Kirchenmusikdirektor.
Mit besonderem Engagement kümmert sich Cyganek um die Förderung des kirchenmusikalischen Nachwuchses. Schon 2003 warnte er vor der Situation, dass in manchen Kirchengemeinden der Orgelmotor ausginge.[8] 2020 äußerte er sich, dass der Nachwuchs an Organisten rar sei. Auf der gesamten kirchenmusikalischen Baustelle herrsche Facharbeitermangel. Die Zahl der Teilnehmenden an den Kursen zur Ausbildung für nebenamtliche Kirchenmusiker (C-Prüfung) habe sich in den letzten zwei Jahrzehnten mehr als halbiert. Mit einer breit angelegten Kampagne plant er drei Zielgruppen zu erreichen: Jugendliche vor dem Abitur, klavieraffine Menschen in der Lebensmitte sowie Senioren im Rentenalter. Die Nachwuchsfrage sei ein „Fass ohne Boden“. Die Kirche brauche unbedingt Leute.[9] Im September 2021 startete die Werbekampagne Orgel On mit einer eigenen Webseite und mehreren Videos bei YouTube (178 Abrufe seit September 2021, Stand April 2023).[10][11]
Choralbuch kreativ. Strube-Verlag 2009. Mit Werken von Ludwig Audersch, Martin Bambauer, Joachim Eichhorn, Thomas Pehlken, Achim Runge, Thomas Schmidt, Thomas Wegst.
Von der Singbewegung zur neuen Musik. Festschrift zum 100. Geburtstag von Gerhard Schwarz (1902–1994), hrsg. von Ulrich Cyganek und Gerhard Luchterhandt.
