Von 1982 bis 1987 wirkte er als nebenberuflicher Kirchenmusiker in der Kirchengemeinde Köln-Ehrenfeld. Von 1987 bis 1992 arbeitete er als Kantor an der Dankeskirche in Berlin-Wedding. 1993 wurde er zum Kantor an die Marktkirche in Neuwied am Rhein berufen und zum Kreiskantor des Kirchenkreises Wied. Gute Zusammenarbeit pflegte er dort mit seinem Neuwieder Kollegen KantorBernd Kämpf.[3]
Von 1997 bis 1999 lehrte er Dirigieren an der Hochschule für Musik und Tanz in Köln. Zum Wintersemester 2009 übernahm er dort einen Lehrauftrag im Fach „Hymnologie und Gemeindesingen“.[4] Von 2015 bis 2021 leitete er dort den Studiengang Evangelische Kirchenmusik.[5] Ab 2020 unterrichtete er das Fach Orchesterleitung.[6]
Schmidt initiierte im Jahr 2001 eine Mailingliste (Kirchenmusikliste) für Kirchenmusiker. Von 2003 bis 2016 war er Mitglied des Ausschusses für Gottesdienst und Kirchenmusik der Evangelischen Kirche im Rheinland (EKiR), von 2016 bis 2020 war er Mitglied des Liturgischen Ausschusses der Union Evangelischer Kirchen (UEK). Seit 2020 ist er Mitglied der Gesangbuchkommission der Evangelischen Kirche in Deutschland (EKD) zur Revision des Evangelischen Gesangbuchs. Er ist Mitglied der Internationalen Arbeitsgemeinschaft für Hymnologie (IAH).
Thomas Schmidt: Singen als Selbst- und Gotteserfahrung. in: Handbuch Gemeinde & Presbyterium: Spiritualität. Medienverband der Evgl. Kirche im Rheinland gGmbH.
Thomas Schmidt und Mechthild Brand: Ohne Musik läuft hier gar nichts – Kirchenmusikalische Potenziale entdecken und pflegen. in: Thema: Gottesdienst, Ausgabe 23/2005, herausgegeben von der Arbeitsstelle Gottesdienst der Evangelischen Kirche im Rheinland.
Thomas Schmidt u. Martin Evang: Liturgische Gesänge der Gemeinde – Vorschläge zur Gestaltung von Kontinuität und Wechsel. Thema: Gottesdienst, Ausgabe 30/2009, herausgegeben von der Arbeitsstelle Gottesdienst der Evangelischen Kirche im Rheinland.
Thomas Schmidt: Liturgische Gesänge. in: Werkbuch „s!ngen - jede Stimme zählt“, herausgegeben von der Evangelischen Kirche im Rheinland 2011.
Thomas Schmidt (et al.): John Bell: Eine andere Art des Gemeindesingens. in: Werkbuch „s!ngen - jede Stimme zählt“. Herausgegeben von der Evangelischen Kirche im Rheinland 2011.
Thomas Schmidt: „Glaube, Hoffnung, Liebe“ statt „Einigkeit und Recht und Freiheit“ – Geistliche Liedtexte auf bekannte Melodien schreiben – geht das gut?. in: Württembergische Blätter für Kirchenmusik 3/2012. Herausgeber: Evangelische Kirchenmusik in Württemberg e. V.
Thomas Schmidt: Das, was mich singen machet, ist, was im Himmel ist – Singen als Quelle der Spiritualität. in: Mehr als tausend Worte ... Zum Verhältnis von Wort und Musik im Verkündigungsgeschehen. Evgl. Akademie im Rheinland 2013.
Thomas Schmidt: Elf Liedkommentare zu Kirchenliedern in: Liederkunde zum Evangelischen Gesangbuch, Göttingen 2000.
Noten
Intonationen, Begleitsätze und Choralvorspiele zu EG 11, 35, 46, 85, 109, 124, 165, 229, 288, 320, 361, 421, 440, 501 in Choralbuch kreativ, herausgegeben von Ulrich Cyganek, Strube-Verlag 2010.
Dreistimmige Begleitsätze zu EG 98, EG 288, EG 369 in Choraltrios für Orgel. Herausgegeben von Ulrich Cyganek, Strube-Verlag 2020.
Keck, Wechsel-Spiel und Klangmeditation – Veni Sancte Spiritus für Orgel. In: 33 Trios für Orgel, herausgegeben von Ulrich Cyganek Verlag Strube 2022.