Der Verein wurde im Jahr 1955 als Ōtsuka Pharmaceutical Soccer Club (jap. 大塚製薬株式会社, Ōtsuka Seiyaku Kabushiki kaisha) gegründet. Gesponsert wird der Verein heute noch von Ōtsukas bekanntesten Marke Pocari Sweat.
Der Aufstieg in die Japan Soccer League (JSL) Division 2 erfolgte 1989. Um aber dem angestrebten Ziel der Professionalisierung des Vereins gerecht zu werden, war eine Teilnahme in der Japan Football League notwendig. Die erste Namensänderung in Vortis Tokushima erfolgte zur Saison 1997, um die Fans mobilisieren zu können. Dies gelang aber nicht, weswegen kurz darauf der Firmenname wiedereingeführt wurde. Im Jahr 1999 gehörte Ōtsuka Pharmaceutical SC zu den Gründungsmitgliedern der nun drittklassigen Japan Football League. Den aktuellen Namen Tokushima Vortis gab sich der Verein 2004 nach dem Gewinn der Meisterschaft in der JFL und dem damit verbundenen Aufstieg in die J. League Division 2.
In der ersten Saison überzeugte der Aufsteiger mit seiner Entschlossenheit und Spielqualität. Der kurzzeitig erreichte 4. Platz konnte aber nicht bis zum Ende der Saison gehalten werden. Der Kader erreichte bald das Ende seiner Fähigkeiten und der Klub investierte in die Verjüngung des Teams. Durch den damit verbundenen Leistungseinbruch platzierte Vortis sich in den folgenden Spielzeiten auf dem letzten Ligaplatz, stabilisierte sich aber und hält sich seitdem souverän in der Division 2.
Naruto Athletic Studium
In der Saison 2013 gelang dem Verein erstmals der Aufstieg in die Division 1 als Sieger der Aufstiegsplayoffs. Vortis ist somit das letzte Profiteam der ehemaligen JSL, welches das Oberhaus der J. League erreichen konnte. Allerdings hielt man sich nur ein Jahr dort und stieg am Ende der Saison postwendend wieder ab. Der bislang größte Erfolg der Vereinsgeschichte war der erneute Aufstieg in die J1 League zum Ende der Saison 2020, dieses Mal aber als Meister der J2 League. Auch dieses Mal konnte sich der Verein allerdings nicht über eine Saison hinaus in der obersten Liga halten und stieg erneut direkt wieder ab.
Der Verein trägt seine Heimspiele im Naruto Otsuka Sports Park Pocarisweat Stadium (jap. 鳴門・大塚スポーツパークポカリスエットスタジアム) oder kurz Pocarisweat Stadium (ポカリスエットスタジアム) in Naruto in der Präfektur Tokushima aus. Das Stadion, dessen Eigentümer die Präfektur Tokushima ist, hat ein Fassungsvermögen von ca. 20.000 Zuschauern.
