FC Kagoshima wurde als Osumi NIFS United FC, dem Team des Nationalen Institutes für Fitness und Sport in Kanoya, im Jahr 1994 gegründet. Der Aufstieg in die Kyushu Soccer League erfolgte 2004, die Umbenennung in FC Kagoshima 2010.
Beide Mannschaften versuchten zunächst unabhängig voneinander den Aufstieg in die Japan Football League zu erreichen. Die Idee einer Fusion wurde erstmals 2012 durch den Fußballverband der Präfektur Kagoshima ins Spiel gebracht, die Gespräche zwischen den Vereinen wurden zunächst jedoch erfolglos abgebrochen. Erst ein Jahr später und auf Anraten der J. League kam ein Abschluss zustande. Da sich beide Mannschaften zudem bis in die Endrunde der Regionalliga-Finalrunde 2013 spielten, wo der FC knapp vor Volca den zum Aufstieg berechtigenden dritten Platz erreichte, begann der neugegründete Verein sein Dasein in der Japan Football League 2014.
Im japanischen Amateur-Oberhaus spielte Kagoshima United von Anfang an um die vorderen Plätze mit. So wurde am Ende der Saison 2014 der dritte, ein Jahr später der vierte Platz erreicht. Dieser reichte letztlich zum Aufstieg, da United als einziger der drei J3-League-Anwärter dieser Saison unter den besten Vier landete.[1]
Stadion
Der Verein trägt seine Heimspiele im Shiranami Stadium (白波スタジアム), dem ehemaligen Kagoshima Kamoike Stadium, in Kagoshima in der Präfektur Kagoshima aus. Das Stadion, dessen Eigentümer die Präfektur Kagoshima ist, hat ein Fassungsvermögen von 19.934 Zuschauern.