Der Verein wurde im Jahr 1970 als Matsuyama Soccer Club gegründet und benannte sich im Jahr 1995 in Ehime Football Club um. Lange Zeit spielte der Verein in der regionalen oder präfekturalen Liga, da Matsuyama in der Japan Soccer League durch die Werksmannschaft des ansässigen Unternehmens Teijin vertreten wurde.
Am 28. November 2007 gelang Ehime ein Achtungserfolg mit einem 2:0-Auswärtssieg über den amtierenden Gewinner der AFC Champions League, die Urawa Red Diamonds, in der vierten Runde des nationalen Pokals.
2008 übernahm der Ehime F.C. den Ehime Shimanami F.C. als Reservemannschaft, welcher seitdem als Ehime F.C. Shimanami aufläuft.
Der Verein trägt seine Heimspiele im Ningineer Stadium in Matsuyama in der Präfektur Ehime aus. Das Stadion, deren Besitzer die Präfektur Ehime ist, hat ein Fassungsvermögen von 20.000 Zuschauern. Betrieben wird die Sportstätte von der NINGINEER Network Co.