Von 1961 bis 1971 fungierte Doernberg als Direktor des Deutschen Instituts für Zeitgeschichte (DIZ) in Ost-Berlin. 1963 erhielt er eine Professur für Geschichte der deutschen und internationalen Arbeiterbewegung. Er war 1957 bis 1962 wissenschaftlicher Sekretär der deutschen Sektion der Kommission der Historiker der DDR und der UdSSR und ab 1964 Vorsitzender der DDR-Sektion der Forschungseinrichtungen der DDR, der ČSSR, Polens, Ungarns und der UdSSR zu Fragen der europäischen Sicherheit. 1966 wurde ihm der akademische Grad eines Doktors der Geschichtswissenschaften der Akademie der Wissenschaften der UdSSR verliehen (Dr. sc.). 1971 bis 1977 wirkte er als stellvertretender Direktor des Instituts für Internationale Politik und Wirtschaft in Berlin und ab 1970 als Sekretär, Generalsekretär und Vizepräsident des DDR-Komitees für europäische Sicherheit. 1977 bis 1982 war er Direktor des Instituts für Internationale Beziehungen an der Akademie für Staats- und Rechtswissenschaften.
Auf dem Round Table "Detente: Reasons-Demands-Obstacles" der Internationalen Vereinigung für Politische Wissenschaft (IPSA), Weimar 25./26. August 1980 gehörte er der Delegation des Nationalkomitees für politische Wissenschaften der DDR an. Hier führte er mit Georgi Schachnasarow, 1. Vizepräsident der IPSA, stellvertretender Abteilungsleiter des ZK der KPdSU und während der Perestroika enger Berater von Michail Gorbatschow, ein zunächst intern gebliebenes Gespräch, in dem sich beide Gesprächspartner einig waren, dass es mit der unabhängigen Gewerkschaft "Solidarność" in Polen erstmals in einem sozialistischen Land zu einer Massenerhebung der Arbeiterklasse gekommen war, die weder von außen gesteuert wurde oder sich vornehmlich an einer vorübergehenden Unzufriedenheit entzündet hatte[3].
Seit November 2008 war er Vorsitzender der DRAFD (Verband Deutscher in der Résistance, in den Streitkräften der Antihitlerkoalition und der Bewegung „Freies Deutschland“ e. V.).[4] Stefan Doernberg war stellvertretender Vorsitzender des Ältestenrates der Partei Die Linke.
Am 3. Mai 2010 verstarb Stefan Doernberg in Berlin, unmittelbar vor einer geplanten Reise nach Moskau, wo er auf Einladung der russischen Regierung an den Feiern zum 65. Jahrestag des Sieges über das nationalsozialistische Deutschland teilnehmen sollte.[5]
Die Gründung der Sozialistischen Einheitspartei Deutschlands und ihre historische Bedeutung. In: Zeitschrift für Geschichtswissenschaft, 1956, Nr. 2. Berlin.
mit Percy Stulz: Deutschland 1945–1949. Kurzer Abriss der geschichtlichen Entwicklung. Berlin 1959
Die Geburt eines neuen Deutschland 1945–1949. Die antifaschistisch-demokratische Umwälzung und die Entstehung der DDR. Berlin 1959
Der Zweite Weltkrieg. 1939–1945. Wirklichkeit und Fälschung. Berlin, 1959. (Herausgeber)
Hrsg.: Beiträge zur Geschichte der Sozialistischen Einheitspartei Deutschlands. Berlin 1961
Kurze Geschichte der DDR. Berlin 1964
Bonn greift nach Atomwaffen. Berlin 1965
Die ersten Schritte in ein neues Deutschland. Berlin 1965
Geschichte der Deutschen Arbeiterbewegung (8 Bände als Mitautor). Berlin 1966
Deutsche Geschichte (3 Bände als Mitherausgeber). Berlin 1968
Die Beteiligung des westdeutschen Imperialismus an der Aggression und den Kriegsverbrechen des USA-Imperialismus in Vietnam. Berlin 1969
Europäische Sicherheit und internationale Entspannung. Berlin 1973
Hrsg.: Probleme des Friedens, der Sicherheit und der Zusammenarbeit. Beiträge aus West- u. Osteuropa. Köln 1975
Befreiung 1945. Ein Augenzeugenbericht. Berlin 1975
Hrsg.: DDR, UdSSR. Zusammenarbeit und Annäherung. Berlin 1979
Hrsg.: Aussenpolitik der DDR. 3 Jahrzehnte sozialistische deutsche Friedenspolitik. Berlin 1979
Die Strategie des Friedens der sozialistischen Staatengemeinschaft. Berlin 1981
Sturmglocken der Weltgeschichte. Leipzig 1984
Hrsg.: Im Bunde mit dem Feind. Deutsche auf alliierter Seite. Berlin 1995
Machtpoker um die deutsche Einheit. Strategien und verpaßte Chancen im ersten Jahrzehnt nach Kriegsende. Berlin 1999
Ein Deutscher auf dem Weg nach Deutschland. Bericht eines Zeitzeugen über das Jahr 1945. Berlin 2000
Fronteinsatz – Erinnerungen eines Rotarmisten, Historikers und Botschafters. Berlin 2004
Hrsg.: Hitlers Ende ohne Mythos. Jelena Rshewskaja erinnert sich an ihren Einsatz im Mai 1945 in Berlin. Berlin 2005
mit Dietrich Staritz und Helmut Meier: Unternehmen DDR-Geschichte. Forschungsstand – Defizite – Projeke. Berlin 2006
Literatur
Doernberg, Stefan. In: Collegium Politicum an der Universität Hamburg. Arbeitsgruppe Historiographie (Hrsg.): Geschichtswissenschaftler in Mitteldeutschland. Ferd. Dümmerls Verlag, Bonn / Hannover / Hamburg / München 1965, S. 22 f.
Beiträge einer Wissenschaftlichen Konferenz zu Ehren von Prof. Dr. Stefan Doernberg. Helsinki 1975: Genutzte Möglichkeiten und verpasste Chancen (= Pankower Vorträge 21), Helle Panke, Berlin 2000, DNB959018395.
Gottfried Hamacher, unter Mitarbeit von André Lohmar: Gegen Hitler – Deutsche in der Résistance, in den Streitkräften der Antihitlerkoalition und der Bewegung „Freies Deutschland“: Kurzbiographien. Rosa-Luxemburg-Stiftung, Berlin. Band 53. ISBN 3-320-02941-X (PDF)
Doernberg, Stefan: Ein Deutscher auf dem Weg nach Deutschland. Bericht eines Zeitzeugen über das Jahr 1945 (= Pankower Vorträge 24), Helle Panke, Berlin 2000.
Stefan Doernberg: 1943 – Wendejahr des Zweiten WeltkriegesVormarsch der deutschen Wehrmacht wurde in der Sowjetunion gestoppt. In: Drafd-Information, September 2008
Stefan Doernberg: Das Jahr 1944 brachte eine neue Qualität.Sowjetische Sommeroffensive band Hitlers Truppen auch nach der Landung in der Normandie vor allem im Osten. In: Drafd-Information, August 2004
↑Frank Herold: Der letzte Befehl.60. Jahrestag der Befreiung. Der Berliner Stefan Doernberg war dabei, als Deutschland kapitulierte. Damals war er 21 Jahre alt und Leutnant der Roten Armee. In: Berliner Zeitung, 2. Mai 2005.