1585 wurde er als Staatssekretär nach Hamburg zurückberufen, wo er als Gesandter in Staatsgeschäften bei auswärtigen Höfen tätig war. Diese führten ihn an den Hof Elisabeths I. nach England, 1599 zu Heinrich IV. nach Frankreich, 1603 zu König Christian IV. nach Dänemark, 1604 zu König Jacob I. nach England und 1605 nach Schweden. Auch nahm er 1608 am Reichstag zu Regensburg teil. Die von ihm geführten Verhandlungen führten zur Loslösung Hamburgs, das eine Stellung als international-neutraler Stapelplatz in Nordwesteuropa anstrebte, aus der deutschen Hanse.
Im Jahre 1601 wurde er Ratsherr in Hamburg und 1614 Bürgermeister der Stadt. Er gründete 1610 eine umfangreiche Sammlung für die Bibliothek des Johanneums, der heutigen Staats- und Universitätsbibliothek Hamburg, und wollte dieser testamentarisch eine größere Summe stiften. Bergen verfasste während seiner Zeit auch verschiedene Schriften.
Sebastian von Bergen war verheiratet mit Margaretha Moller. Nach seinem Tod heiratete sie den Philologen Friedrich Lindenbrog.
Werke
32 Theses de jure testium, Wittenberg 1583
Disputations II de tutela et cura, Wittenberg 1583 und 1584
Disputationes IV de donationibus et testamentis subjectae explicationi instrutitutionum imperialium, Wittenberg 1584