Saint-Germain liegt etwa 40 Kilometer östlich von Poitiers an der Gartempe. Umgeben wird Saint-Germain von den Nachbargemeinden Nalliers im Norden, Mérigny im Nordosten, Ingrandes im Osten, Béthines im Osten und Südosten, Villemort im Süden und Südosten, Antigny im Süden und Südwesten sowie Saint-Savin im Westen.