In seiner akademischen Laufbahn blieb Werner dem literaturwissenschaftlichen Positivismus treu. Werner verfasste ein äußerst umfassendes Werk zur Lyrikanalyse mit dem Titel „Lyrik und Lyriker“, worin er das Werden eines Gedichtes in allen seinen Phasen als aus dem Erlebnis geboren beschreibt. Mit einem positivistischen Schema spannt er die Lyrik in drei Unterarten auf, woraus er wiederum durch Kreuzung mit formalen und thematischen Kategorien 500 Erscheinungsformen errechnet.
Einer der Forschungsschwerpunkte von Richard Maria Werner war der norddeutsche Dichter Friedrich Hebbel.
Werke
Ludwig Philipp Hahn. Ein Beitrag zur Geschichte der Sturm- und Drangzeit, 1877
Lyrik und Lyriker, 1890
Betty Paoli, 1898
Vollendete und Ringende. Dichter und Dichtungen der Neuzeit, 1900