Überregionale Berühmtheit erlangte Troger mit dem 1731 entstandenen „Triumph der Pallas Athene und Sieg über die finsteren Mächte“[1] an der Decke des Marmorsaals im Stift Melk. Zur Rechten der Göttin auf dem von Löwen gezogenen Triumphwagen sind Aurora, Zephir und christliche Tugenden versammelt, während links Sturz der Laster, Sieg des Herkules über Zerberus und Entweichen der Nacht dynamische Gruppen bilden.[2] Trogers Formen zeigen sich stark beeinflusst von Andrea Pozzo,[3] über einer gemalten Scheinarchitektur schweben die Figuren in einer himmlischen Zone, wobei „Licht-Farben-Symbolik und das sich daraus ergebende Kompositionsschema“ eine „neue und wohl die bedeutendste Variante im österreichischen Illusionismus“ darstellen.[4] Räumlichkeit entsteht nicht nur durch Verkürzungen mancher Figuren und die Überschneidung des Lastersturzes mit der Scheinarchitektur, sondern auch durch Kontraste der Helligkeit und Atmosphäre. Als kompositorische Schemata durchdringen einander Raute, Dreieck und Diagonale, die „bestechende Klarheit“ der Anlage ist mit zeitgleichen Werken von Daniel Gran vergleichbar.[5]
In den Klöstern Niederösterreichs schuf er den größten Teil seiner Fresken, wobei er zusammen mit seinen Tiroler Landsleuten wie dem Architekten Joseph Munggenast und dem Maler Johann Jakob Zeiller tätig war.
Sein letztes großes Werk sind die Deckenfresken des Brixner Domes, die in einem expressiven, zukunftsweisenden Stil gemalt sind (1748/50). In seinen letzten Lebensjahren schuf er nur noch Staffeleibilder.
Licht und Farbe wurden bei Troger gezielt für allegorische Zwecke eingesetzt, fast immer gibt es eine „helle“ und eine „dunkle“ Seite in seinen Bildern. Oft sind es auch die allegorischen Figuren, die als „Lichtquelle“ fungieren, was auch perspektivische Probleme aufwirft. Gegenüber dem klassisch orientierten Gran ist bei Troger eine Steigerung des Expressiven zu bemerken, das sich bei seinem Nachfolger Franz Anton Maulbertsch noch verstärkte. Oskar Kokoschka stellte sich bewusst in die Traditionslinie von Troger-Maulbertsch.
Im Jahr 1894 wurde in Wien-Penzing (14. Bezirk) die Trogergasse nach ihm benannt.
Kajetanerkirche: Kuppelfresko Himmlische Glorie des Hl. Kajetan, 1728
Stift Melk: Deckenfresken in Marmorsaal und Bibliothek, 1731/32; im Empfangssaal der Prälatur, 1739 (nicht öffentlich zugänglich); im Kolomanisaal mit der Darstellung der Geschichte von Stift Melk, 1745 (im Rahmen von Konzerten zugänglich)
Stift Zwettl: Deckenfresken der Bibliothek mit Themen zur klösterlichen Bildung, 1733
Stift Altenburg: Kuppelfresko der Stiftskirche: eine Interpretation der Apokalypse des Johannes, die zu den bedeutendsten Barockfresken Mitteleuropas gehört, 1733
Stift Geras: Deckenfresko des Marmorsaals (ehemaliges Sommerrefektorium): Wunderbare Brotvermehrung, 1738
Stift Göttweig: Deckenfresko der Kaiserstiege: Apotheose Karls VI., der als Sonnengott Apoll dargestellt ist, 1739
Stift Seitenstetten: Deckenfresko der Bibliothek, 1741
Stift Altenburg: Bibliothek: drei Kuppelfresken mit allegorischen Personifikationen und szenischen Exempla; auf dem mittleren Fresko die Personifikation der göttlichen Weisheit und die Szene des Besuchs der Königin von Saba bei König Salomon, 1742
Brixner Dom: Freskenzyklus bestehend aus der Anbetung des Lammes (nach der Offenbarung des Johannes) im Langhaus, dem Engelskonzert über der Orgel, der Aufnahme Mariens in den Himmel im Presbyterium über dem Hochaltar, sowie dem Heiligen Kassian als Lehrer und als Glaubensbote in den beiden Armen des Querschiffes. Ein weiteres Fresko, die Scheinkuppel in der Vierung, wurde 1895 zerstört. Diese Fresken sind die einzigen, die Troger in seiner Tiroler Heimat geschaffen hat. Sie entstanden 1748–50.
Welsberg, Pfarrkirche zur Heiligen Margareth: Hochaltarbild mit der Heiligen Margareth und anderen Heiligen; Seitenaltarbilder der Anbetung der Könige (datiert 1737) und der Almosenspende des heiligen Johannes Nepomuk
Zum 250. Todestag des Barockmalers Paul Troger. Sonderausgabe der Zeitschrift „Der Schlern“, Juli/August 2012 (mit Aufsätzen von Leo Andergassen, Andreas Gamerith und Cornelia Plieger, Rudolf Ingruber, Elvio Mich, Klaus Steinmair, Werner Telesko, Hanns-Paul Ties).
Johann Kronbichler: Paul Troger (1698–1762). Deutscher Kunstverlag, Berlin/München 2012, ISBN 978-3-422-07127-8.
Stift Altenburg: Paul Troger & Altenburg. Stift Altenburg, Altenburg (ohne Jahr, 2012 oder später).