Er wurde am 15. Mai 1990 mit einer vorläufigen Sicherung des Bezirkstages Schwerin als 1.222 km² großer Naturschutzpark „Mecklenburgisches Elbetal“ ins Leben gerufen. Nach der Wiedervereinigung Deutschlands und der damit verbundenen Länderbildung sowie der späteren Rückgliederung von Gemeinden kamen große Teile des geplanten Naturparkes zu Brandenburg und zu Niedersachsen.
Schließlich wurde er mit einer Fläche von 426 km² am 5. Februar 1998 durch eine Landesverordnung festgesetzt.
Charakteristisch und ausschlaggebend für die Unterschutzstellung war die ursprüngliche Flusslandschaft des Elbestroms mit seinen Nebenflüssen Schaale, Sude, Krainke, Rögnitz, Löcknitz und der Müritz-Elde-Wasserstraße. Besonderheit waren die Binnendünengebiete mit Sandtrockenrasen, Wäldern und Heiden sowie die steilen Elbuferhänge bei Boizenburg (Vier) und Rüterberg (Dömitz), die von den Aussichtstürmen eine Panoramasicht auf die Elbaue boten.
