Die Blairs, wie viele andere nationalistische Demokraten, jedoch ungewöhnlich für Politiker der Grenzstaaten, hatten die Demokratische Partei unmittelbar nach dem Kansas-Nebraska Act verlassen und wurden danach die Gründungsväter der neuen Republikanischen Partei. 1860 nahm Montgomery Blair aktiv am Wahlkampf von Abraham Lincoln teil. Nach seiner Wahl zum Präsidenten war er von 1861 bis September 1864 in dessen Kabinett als Postmaster General tätig. Er führte Reformen und Verbesserungen wie die Einrichtung der freien Stadtanlieferung, ein Zahlungsanweisungssystem und den Gebrauch der Eisenbahnpostwaggons durch, letztes war von George B. Armstrong († 1871) aus Chicago empfohlen worden, der von 1869 bis zu seinem Tod der General Superintendent des United States Railway Mail Service war. Als Folge von Anfeindungen seitens der Radical Republican Fraktion, die mit ihm vereinbarten, dass Blairs Rücktritt der Rücknahme von John C. Frémonts Name als Kandidat für die Präsidentschaftskandidatur jenes Jahres folgen sollte, trat er von seinem Posten zurück.
Wegen Meinungsunterschieden mit der Republikanischen Partei bezüglich der Reconstructionspolitik gab Blair seiner Anhänglichkeit zu der Demokratischen Partei nach dem Amerikanischen Bürgerkrieg nach, zusammen mit seinem Bruder, der in der 1868 für den Posten des demokratischen Vizepräsidenten kandidierte.
Sein Landsitz Falkland im heutigen Silver Spring, Maryland wurde während des Bürgerkriegs durch die konföderierten Truppen abgebrannt. Blair verstarb in Silver Spring. Er war mit Mary Woodbury, Tochter von Levi Woodbury verheiratet. Sie sind die Urgroßeltern des Schauspielers Montgomery Clift.