Altar der Oberkirche und Fenster mit Namenspatronen der Familie
Das vornehmlich in Granit- und Sandstein-Quadern ausgeführte Mausoleum zeigt sich in den Formen eines hochgotischen Chors. Vor dem Eingang befindet sich eine Freitreppe. Die Südfassade ist durch eine Fensterrose, Fialen und einen Dachreiter gestaltet. Der Engel über der Rose und der segnende Christus im Tympanon des Portals sind Werke von Franz Xaver Pendl. Die Seitenmauern sind durch schlanke Spitzbogenfenster aufgebrochen. Der Innenraum wird durch Kreuzrippengewölbe sowie Fächergewölbe nach oben abgeschlossen. Das zentrale Fenster im Chorscheitel stammt aus Innsbruck und zeigt die Namenspatrone der Familie, die hll. Franziskus, Johannes der Täufer und Anna. Davor steht ein neugotischer Tabernakelaltar.
Im Untergeschoss befindet sich eine begehbare Gruft. Hier liegen Erzherzog Johann, dessen Ehefrau Anna Plochl, sowie ihr gemeinsamer Sohn und Auftraggeber des Bauwerks Franz von Meran bestattet. Der schlichte Marmoraltar mit Kruzifix und der Sarkophag sind ebenfalls Arbeiten Pendls.
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