Puerta war seit 1995 Profispieler. In seiner Karriere gewann er drei ATP-Turniere, alle auf Sand: Palermo (1998), Bogotá (2000) und Casablanca (2005).
Nachdem ihm die Einnahme von Clenbuterol nachgewiesen werden konnte, wurde Puerta 2003 für neun Monate gesperrt. Die deutliche Gewichtszunahme in dieser Zeit brachte ihm den Spitznamen „el gordo“ (der Dicke) ein.
Im Juni 2005 erreichte er bei den French Open sein erstes Grand-Slam-Finale. Anschließend wurde jedoch bekannt, dass Puerta auch dort positiv auf Etilefrin getestet wurde. Mariano Puerta wurde am 21. Dezember 2005 für acht Jahre gesperrt, legte gegen das Urteil jedoch Einspruch ein. Am 12. Juli 2006 wurde eine Reduzierung der Sperre auf zwei Jahre bekanntgegeben. Am 5. Juni 2007 gab er beim Challenger-Turnier in Sassuolo sein Comeback, für welches er eine Wildcard bekam. 2009 beendete er seine Karriere.
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