Mayrhofer wurde 1862 als Sohn der Bäckerstochter Anna Mayrhofer (1844–1930) in Linz geboren. Von 1876 bis 1879 absolvierte er die Lehre als Orgelbauer im Betrieb seines Stiefvaters Anton Hanel (1820–1880) in Urfahr und arbeitete in der Folgezeit in verschiedenen Orgelbaufirmen, unter anderem bei Friedrich Goll in Luzern, J. D. Philipps in Frankfurt am Main sowie E. F. Walcker & Cie. in Ludwigsburg. Als Monteur war er in Deutschland, der Schweiz, Spanien, Frankreich, Schottland, Böhmen, Ungarn, den Niederlanden, Belgien, Russland und der Türkei tätig. Nach dem Tod seines zweiten Stiefvaters Johann Lachmayr übernahm er 1918 dessen Betrieb in Urfahr. Bis zu Mayrhofers Pensionsantritt 1935 wurden in seiner Orgelbauwerkstatt 47 Orgeln neu- oder umgebaut.[1] Sein Sohn Eugen Mayrhofer (1908–1932) war ebenfalls Orgelbauer, allerdings verhinderte sein früher Tod die Weiterführung des Betriebes.[2]