Lincoln war 1779 zugleich Mitglied des Verfassungskonvents von Massachusetts. Trotz seiner Wahl zum Mitglied des Kontinentalkongresses 1781 verzichtete er auf die Annahme des Mandats. Seine politische Laufbahn begann 1796 mit seiner Wahl zum Abgeordneten des Repräsentantenhauses von Massachusetts und setzte sich im darauf folgenden Jahr mit der Mitgliedschaft im Staatssenat fort.
1800 erfolgte seine Wahl zum Abgeordneten des US-Repräsentantenhauses. Dort vertrat er bis zum 5. März 1801 die Interessen des vierten Kongresswahlbezirks von Massachusetts.
Justizminister und Gouverneur von Massachusetts
Am 5. März 1801 berief ihn PräsidentThomas Jefferson als Attorney General in sein Kabinett. Zugleich war er bis zum 2. Mai 1801 auch amtierender Außenminister. Das Amt des Justizministers übte er bis zum Ende von Jeffersons erster Amtszeit am 5. März 1805 aus.
1806 war er zunächst Mitglied des Staatsrates von Massachusetts. Nachfolgend wurde er 1807 Vizegouverneur von Massachusetts; als solcher war er nach dem Tode von James Sullivan auch von 1808 bis 1809 amtierender Gouverneur von Massachusetts. 1809 scheiterte seine reguläre Wahl zum Gouverneur. Von 1810 bis 1812 war er erneut Mitglied des Staatsrates.
Marvin J. Petroelje: Levi Lincoln, Sr.: Jeffersonian Republican of Massachusetts.Dissertation (Ph.D.), Michigan State University, 1969.
Lincoln, Levi. In: James Grant Wilson, John Fiske (Hrsg.): Appletons’ Cyclopædia of American Biography. Band3: Grinnell – Lockwood. D. Appleton and Company, New York 1887, S.729 (englisch, Volltext [Wikisource] – Biografien von Lincoln und seinen Söhnen).