Die Liga startete mit zwölf Mannschaften. Diese spielten in der Saison dreimal gegeneinander. Nachdem sich Dublin City am 19. Juli 2006 aus finanziellen Gründen zurückzog, absolvierten die verbliebenen elf Teams jeweils 30 Saisonspiele. Der Elftplatzierte spielte in der Relegation gegen den Abstieg.
Shelbourne FC erhielt für die nächste Saison aufgrund finanzieller Schwierigkeiten keine Lizenz. Das zweitplatzierte Derry City übernahm seinen Platz in der Champions League.
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Bohemians Dublin wurden drei Punkte abgezogen wegen Einsatz eines gesperrten Spielers im Spiel gegen Shelbourne FC. Das Ergebnis wurde annulliert und anschließend wiederholt.
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Dublin City schied nach 17 Runden aus dem Bewerb aus. Die Ergebnisse (4 Siege, 3 Remis, 10 Niederlagen, 11:24 Tore) wurden annulliert.
Der Elfte der League of Ireland spielte gegen den Zweiten der First Division, Dundalk FC, um den Klassenerhalt. Dundalk gewann zwar die Relegationsspiele, blieb jedoch in der First Division, da die Liga durch eine Umstrukturierung nach einem vom Verband veröffentlichten Ranking neu eingeteilt wurde. Dabei erhielt ironischerweise der unterlegene Gegner Waterford United ein Platz in der Premier Division 2007.