Der Karmelitenkonvent in Linz besteht seit 1671. In diesem Jahr begaben sich zwei WienerKarmeliten nach Linz, um einen geeigneten Platz für ein Kloster und eine Kirche zu suchen. Sie wohnten zuerst im Haus des Lebzelters Matthias Panlechner in der Herrengasse und übersiedelten am 19. September 1672 in das Schieferhaus an der Linzer Landstraße.[1] Nach Ankauf des Pollerhauses[1] wurde die erste Kirche (Kapelle) 1675 an der heutigen Mozartkreuzung errichtet.[2]
1785 kam es im Zuge der Aufteilung des Pfarrgebiets der Linzer Stadtpfarrkirche zur Gründung der Josefspfarre, die 1908 an die neu erbaute Familienkirche im Neustadtviertel übertragen wurde.[4]
1871 war die Kirche Zentrum der Beichtstuhl-Affäre, bei der es um sexuellen Missbrauch und Pressefreiheit ging.
Die stark gegliederte Westfassade entwarf Johann Raas[5] in Anlehnung an seine Fassade der Karmelitinnenkirche in Prag. Sie wurde von den Architekten Martin Witwer und Johann Michael Prunner in Details modernisiert.[5]
Das Hochaltarbild der Hl. Familie stammt von Martino Altomonte (1724), die Stuckplastiken an den Seitenaltären von Diego Carlone. Die Kanzel aus dem Jahr 1714 ist reich verziert, die Beichtstühle (1711) sind kunstvoll geschnitzt. Auf dem Altartisch ist der Glassarg des hl. Felix (1733), unter der Musikempore befinden sich Kapellen mit Schmiedeeisengittern.