1999 wurde Bachler mit der Direktion des Burgtheaters betraut und Bergmann seine stellvertretende Direktorin. Im letzten Jahr seiner zehnjährigen Direktion leitete Bergmann bis zum Übergang zu Matthias Hartmann das Burgtheater nicht nominell, aber de facto alleine, da Bachler bereits die Bayerische Staatsoper übernommen hatte, und blieb bis zur Spielzeit 2009/2010.[2] Zuletzt hatte Bergmann den Jubiläums-Kongress 125 Jahre Wiener Burgtheater "Von welchem Theater träumen wir?" im Oktober 2013 organisiert.
Am 19. März 2014 wurde Karin Bergmann von Kulturminister Josef Ostermayer zur interimistischen künstlerischen Direktorin des Burgtheaters für die Spielzeiten 2014/15 und 2015/16 ernannt.[3][4][5] Sie trat damit die Nachfolge des am 11. März 2014 entlassenen Burgtheaterdirektors Matthias Hartmann an und war die erste Burgtheaterdirektorin.[6] Am 14. Oktober 2014 gab Ostermayer die Ernennung Bergmanns zur künstlerischen Direktorin bis 2019 bekannt.[7] Mit Ende der Saison 2018/2019 verließ Bergmann das Burgtheater.[8][9]
Ab der Saison 2022 ist Karin Bergmann für die Leitung Theater/Literatur der Salzkammergut Festwochen Gmunden verantwortlich.
Bergmann war mit dem Architekten und Designer Luigi Blau bis zu seinem Tod im August 2023 verheiratet.[10]