Während der Unruhen in den Spanischen Niederlanden stellte er sich auf die Seite des Königs von Spanien. Bereits 1546 wurde er daher mit dem Orden vom Goldenen Vlies ausgezeichnet.
1549 erhob der Kaiser ihn (wegen Aremberg) in den Reichsgrafenstand. Vom gleichen Jahr an war Johann von Ligne Statthalter des Königs von Spanien in Friesland, Groningen, Drenthe und Overijssel und einer der Heerführer der Spanier gegen die aufständischen Republik der Vereinigten Niederlande der Niederlande. 1567 erhielt er vom Herzog von Alba das Kommando über 2000 Mann Kavallerie und 1200 zu Fuß. Im Jahr 1568 nahm er die Stadt Damm ein, die Ludwig von Nassau besetzt hatte. Am 23. Mai 1568 traf er auf die Armee der Rebellen. Er kam daraufhin zur Schlacht von Heiligerlee. Die Schlacht war der Beginn des Achtzigjährigen Krieges und endete mit einer
Niederlage für die Spanier. Johann selbst fiel in der Schlacht.
Ihm folgte sein Sohn Karl als Reichsgraf von Arenberg, der zunächst unter der Vormundschaft seiner Mutter stand.
Familie
Seine Eltern waren Freiherr Ludwig von Barbançon und dessen Ehefrau Marie de Glymes.
