Johann Nepomuk Holzhey erlernte sein Handwerk zunächst bei seinem Onkel Alexander Holzhey, der 1758 die Orgel im Dom Brixen vollendete. Zu seinen Arbeitgebern gehörte Karl Joseph Riepp, bei dem er von 1767 bis 1768 als Geselle an der Orgel des Salemer Münsters mitarbeitete. 1766 hatte er bereits die Werkstatt seines Schwiegervaters Joseph Zettler in Ottobeuren übernommen und sich dort niedergelassen. Zwei Jahre später wurde er in die Ottobeurer Rosenkranzbruderschaft aufgenommen.
Nach dem Niedergang der schwäbischen und bayrischen Klöster im Zuge der Säkularisation 1803 ging es mit dem Orgelbau drastisch bergab. Holzhey, der bis dahin rund 40 Orgeln gebaut hatte, fristete seine letzten Jahre als Reparaturtischler.
Holzhey griff die durch Riepp in Oberschwaben eingeführten Elemente der französischen Orgel der Klassik auf und integrierte sie in den überkommenen oberschwäbischen Orgeltypus. Mit Holzhey ist das Rückpositiv im oberschwäbischen Orgelbau außer Gebrauch gekommen.
neues Werk für eine Orgel von 1710 oder Reparatur, 1805 von Holzhey nach Abbruch der Wallfahrtskirche in der Pfarrkirche St. Johannes Evangelist in Ummendorf aufgestellt, heute ist nur noch das Gehäuse von ca. 1710 erhalten
Umbau der Orgel von Georg Friedrich Schmahl (1761); Änderung der Disposition, neuer, freistehender Spieltisch, Erweiterung der Klaviaturumfänge; Prospekt erhalten
Neubau; nicht erhalten; 1869 abgebrochen und nach Göffingen verkauft, dort 1911 ersetzt
Literatur
Ulrich Höflacher: Johann Nepomuk Holzhey. Ein oberschwäbischer Orgelbauer. In: Veröffentlichung der Gesellschaft der Orgelfreunde. Band121. Oberschwäbische Verlagsanstalt, Ravensburg 1987, ISBN 3-926891-01-7 (zugleich Dissertation der Universität Tübingen, 1987).
Hermann Fischer, Theodor Wohnhaas: Historische Orgeln in Schwaben. Schnell & Steiner, Regensburg 1982, ISBN 3-7954-0431-2.
Wolfgang Manecke, Johannes Mayr: Historische Orgeln in Oberschwaben. Der Landkreis Biberach. Schnell & Steiner, Regensburg 1995, ISBN 3-7954-1069-X.
Josef Edwin Miltschitzky: Ottobeuren: ein europäisches Orgelzentrum. Orgelbauer, Orgeln, und überlieferte Orgelmusik. Dissertation, Universität Amsterdam 2012, insbesondere S. 120ff. (Volltext)