Besondere Bedeutung erlangte Gruber als Mitbegründer der „Allgemeinen Encyclopädie der Wissenschaften und Künste, in alphabetischer Folge“ („Ersch-Gruber“), einer monumentalen, unvollendet gebliebenen wissenschaftlichen Enzyklopädie, von der zwischen 1818 und 1889 insgesamt 168 Bände erschienen sind. Nachdem sein Co-Herausgeber, Johann Samuel Ersch, 1828 gestorben war, übernahm Gruber de facto die alleinige Herausgeberschaft und führte die 1. Sektion (Bd. 18–54) bis zu seinem Tod fort.
Familie
Gruber war zweimal verheiratet. Seine erste Frau heiratete er 1797, sie verstarb 1809 kinderlos. 1811 heiratete er Sophie Louise Christiane Richter, eine Stieftochter des Ökonomen Friedrich Gottlob Leonhardi. Das Paar hatte zwei Söhne:
Geist und Geschichte aller Religionen. Leipzig 1806. (Digitalisat)
Geschichte des menschlichen Geschlechts aus den Gesichtspunkt der Humanität. 2 Bände, Leipzig 1806/07. (Digitalisat Band 1), (Band 2)
Wörterbuch der altklassischen Mythologie und Religion. 3 Bände, Weimar 1810–1815. (Digitalisat Band 1), (Band 2), (Band 3)
August Lafontaine’s Leben und Wirken. Schwetschke, Halle 1833. (Digitalisat)
(Hrsg.): C. M. Wielands sämmtliche Werke. (53 Bände, Leipzig 1818–1828)
(Hrsg.): Klopstocks Oden. (2 Bände, Leipzig 1831)
(Hrsg. mit Johann Samuel Ersch): Allgemeine Encyclopädie der Wissenschaften und Künste, in alphabetischer Folge. (167 Bände, Leipzig 1818–1889; Digitalisat); Neudruck Graz 1980.
Klaus Manger: Gruber, Johann Gottfried. In: Killy Literaturlexikon. Autoren und Werke des deutschsprachigen Kulturraums. Band 4. 2. Auflage. de Gruyter, Berlin / New York 2009, S. 460 f.
Johann Gottfried Gruber. In: Neuer Nekrolog der Deutschen. 29. Jg., 1851. Weimar 1853, S. 602–609.
Gustav Hertzberg: Zur Geschichte der Vereinigung der Universitäten Wittenberg und Halle. In: Zur Feier der fünfzigjährigen Vereinigung der Universitäten Halle und Wittenberg. Halle 1867, S. 1–35.
Friedrich Prillwitz: Die Vereinigung der Universität Wittenberg mit der Universität Halle. In: Universität Halle-Wittenberg (Hrsg.): 450 Jahre Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg. Band 2. Eigenverlag, Halle 1952, S. 241–250.
Reinhard Markner: Johann Gottfried Gruber und die Ordnung des Wissens. in: Gerald Hartung, Wolf-Peter Klein (Hrsg.): Zwischen Narretei und Weisheit. Olms Verlag, Hildesheim 1997, ISBN 3-487-10282-X, S. 288–318, goethezeitportal.de (PDF; 375 kB).
Walter Zöllner: Historische Hilfswissenschaften an der alten Universität. In: Werner Freitag (Hrsg.): Halle und die deutsche Geschichtswissenschaft um 1900. Mitteldeutscher Verlag, Halle 2002, ISBN 3-89812-109-7, S. 172–178 (Studien zur Landesgeschichte. Band 5).
Kai Agthe: Ein zweiter Diderot oder die Wissenschaft vom Wissen-Schaffen. Der Enzyklopädist Johann Gottfried Gruber (1774–1851). In: Saale-Unstrut-Jahrbuch. Band 10, 2005, S. 32–37, ISSN1431-0791.
Bettina Rüdiger: Der „Ersch/Gruber“. Konzeption, Drucklegung und Wirkungsgeschichte der Allgemeinen Encyclopädie der Wissenschaften und Künste. In: Leipziger Jahrbuch zur Buchgeschichte. Band 14, 2005, S. 11–78, ISSN0940-1954.