Johann Eberhard war der Sohn von Georg I. von Cronberg († vor 1547) aus dem „Flügelstamm“ des Hauses Cronberg und der Margret von Fleckenstein. Mit ihm starb der mehrheitlich katholische Flügelstamm des Cronberger Adelsgeschlechts aus.
In seiner Amtszeit entstand auf der Burg Friedberg in den Jahren 1604–1610 im Stil der Hochrenaissance der Kronberger Hof, die Residenz der Cronberger Burgmannen. Das Gebäude diente ab 1698 als Sitz der Friedberger Burggrafen, wurde fortan Burggrafiat genannt und ab dem 19. Jahrhundert, als Nebenresidenz der Großherzöge von Hessen-Darmstadt, Schloss. Seine Amtszeit wurde wohl außerdem von schlechten Beziehungen zur benachbarten Reichsstadt Friedberg geprägt, da er nie gesellschaftlich mit dem Stadtoberhaupt verkehrte.
Verheiratet war Johann Eberhard von Cronberg seit 1595 mit Anna Riedesel zu Eisenbach († 1609). Das Ehewappen Cronberg-Riedesel wurde am freistehenden Tor des Burggrafiats angebracht.
Literatur
Markwart Mueller-Hillebrand: Cronberg: Geschichte eines Rittergeschlechts., Verlag Waldemar Kramer, Frankfurt am Main 1950. S. 33–34.
Klaus-Dieter Rack: Die Burg Friedberg im Alten Reich: Studien zu ihrer Verfassungs- und Sozialgeschichte zwischen dem 15. und 19. Jahrhundert = Quellen und Forschungen zur hessischen Geschichte 72. Selbstverlag der Hessischen Historischen Kommission. Darmstadt 1988. ISBN 3-88443-161-7, S. 401, Tabelle 16.