Girotto spielte in seiner Kindheit zunächst Trommel, dann Klarinette im Orchester Infanto Juvenil de Córdoba und der Kapelle der Stadt Rosario. Ab dem 16. Lebensjahr besuchte er die Flöten- und Klarinettenklasse am Conservatorio Provincial de Córdoba und spielte in verschiedenen Jazz-, Folk- und Fusiongruppen wie Vertiente, Jazz 440 und den Quartetten von Enzo Piccioni und Juan Ciallella.
Im Alter von 25 Jahren kam Girotto nach Italien, wo er mit verschiedenen Latin- und Jazzformationen arbeitete. Seine erste Gruppe, das Latin-Jazz-Sextett Tercer Mundo, gründete er Anfang der 1990er Jahre zusammen mit Horacio „El Negro“ Hernández. Sein nächstes Projekt war die Saxophonband Six-Sax mit Paolo Recchia und Daniele Tittarelli, Gianni Saelli, Marco Siniscalco und dem Perkussionisten Pietro Iodice. Mit dieser Gruppe und den Gästen Bob Mintzer und Randy Brecker spielte er 1995 sein erstes Album Homenaje ein.
Zur gleichen Zeit gründete er mit dem Pianisten Alessandro Gwis, dem Bassisten Marco Siniscalco und dem Perkussionisten Michele Rabbia die Gruppe Aires Tango, mit der er eine Fusion aus Jazz und argentinischem Tango spielte und insgesamt sieben Alben aufnahm. Mit drei Musikern aus seiner Heimatstadt, dem Pianisten Gerardo Di Giusto, dem Perkussionisten Minino Garay und dem Bassisten Carlos „El Tero“ Buschini, gründete er 1999 die Gruppe Cordoba Reunion, mit der er von Milonga, Chacarera, Samba und Candombe beeinflusste Musik spielte und ein Album mit der Sängerin Mercedes Sosa aufnahm.
Im Folgejahr gründete Girotto zwei Duos: eines mit dem Bandoneonisten Daniele di Bonaventura, mit dem er die Alben Javier Girotto Plays Rava, Recordando Piazzolla und Recordando Gardel aufnahm, und eines mit den AkkordeonistenLuciano Biondini, mit dem er zwei CDs mit eigenen Kompositionen einspielte (El Cacerolazo, 2002 und Terra Madre 2005). Mit dem Pianisten Natalio Mangalavite nahm er das Album Colibri auf; mit diesem und dem Sänger Beppe Servillo gründete er das G.S.M Trio. In dieser Zusammenarbeit entstanden die CDs L'Amico di Cordoba und Il Manifesto C.D., zu denen Servillo die Texte schrieb und Girotto die Musik komponierte.
2002 wirkte er als Mitglied von Enrico Ravas Quartett Piano Less (mit Ares Tavolazzi und Fabrizio Sferra) an dessen Album Full of Life mit. Auf dem Album Javier Girotto & Vertere String Quartet spielte Girotto mit einem Streichquartett von Luigi Giannatempo arrangierte eigene Kompositionen. Ab 2006 realisierte er mehrere Projekte mit Paolo Silvestri. Mit Fabrizio Bosso gründete er das Latin Quintet, mit dem er das Album Tribute aufnahm.
Diskographie
Six Sax: Homenaje, 1995
Grandes Amigosm 1996
Aires Tango: Malvinas, 1996
Aires Tango: Madres, 1997
Aires Tango: Poemas, 1999
Vision - Javier Girotto plays Rava, 2000
Aires Tango: Cronología del 900, 2000
Aires Tango: Orígenes, 2001
Cordoba Reunion: Argentina Jazz, 2001
Aires Tango: En Vivo, 2002
Aires Tango: Aniversario, 2002
Recordando Piazzolla, 2002
Rl Cacerolazo, 2002
Colibrì, 2003
L'Amico di Cordoba, 2003
Aires Tango: Escenas Argentinas, 2004
Recordando Gardel, 2004
Terra Madre, 2005
New York Session, 2005
Aires Tango: Trentamilia Cuori, 2006
Argentina: Escenas en Big Band, 2006
Nauhel, 2006
Latin Quintet: Tribute, 2007
J. Girotto-L. Biondini-P. Silvestri Ensamble, 2007
Atem Saxophon Quartet: Suix, 2008
Live at Quirinale, 2008
Dos Soles, 2008
Futbol, 2009
Sol, 2009
Aires Tango: 10/15, 2009
Aires Tango: Jazz Italiano Live, 2009
Sax for Fun: Pangea, 2010
Kalaidoscopic Arabesque, 2011
Argentinian 5tet: Alrededores de la Ausencia, 2011