Hendrik Pfeiffers Interesse galt ursprünglich dem Fußballspiel.[2] Um sich konditionell weiter zu verbessern, schloss er sich parallel zum Fußballspielen dem Leichtathletikverein LAZ Rhede an. Ein Jahr später wechselte er endgültig die Sportart.[3][4]
Er entwickelte seine Lauffähigkeit zu immer längeren Strecken. Bis zum Erreichen der Altersgrenze im Oktober 2015 gehörte Pfeiffer dem Nachwuchselite-Team NRW der Sportstiftung NRW an.[5]
Am 24. April 2016 debütierte Hendrik Pfeiffer in Düsseldorf auf der Marathondistanz und erfüllte in einer Zeit von 2:13:11 h auf Anhieb die Norm für die Olympischen Spiele in Rio de Janeiro.[4][3]
Aber schon wenige Wochen später musste Pfeiffer bei den Europameisterschaften in Amsterdam gesundheitsbedingt – wie auch Arne Gabius – beim Halbmarathon aufgeben.
Ihn und Gabius ereilte das gleiche Schicksal: Beide wurden für die Olympischen Spiele nominiert, mussten aber auf die Teilnahme verzichten, da sich ihr Gesundheitszustand nicht besserte.
Es sei nicht seine „Philosophie vom Laufen, Schmerztabletten einzuwerfen“, äußerte Pfeiffer.[6] Für ihn rückte Julian Flügel als Teilnehmer nach.
Im Oktober 2017 gewann er bei seinem zweiten Rennen über die Marathondistanz den Köln-Marathon und unterbot dabei die Qualifikationsnorm für die Leichtathletik-EM 2018 in Berlin. Hendrik Pfeiffer wurde vom DLV für die Leichtathletik-Europameisterschaften 2018 nominiert[7], musste seine Teilnahme jedoch wie schon bei den Olympischen Spielen 2016 aufgrund von Fersenproblemen absagen.[8]
Beim Vivawest-Marathon 2018 stellte der damals 25-Jährige einen Guinness-WeltrekordSchnellster Halbmarathon im Anzug (männlich) auf, um auf die Möglichkeit, Profisport und Berufsleben im Rahmen einer dualen Karriere zu verknüpfen, aufmerksam zu machen.[9][10][11]
Beim Sevilla-Marathon 2020 stellte Pfeiffer mit einer Zeit von 2:10:18 h eine neue persönliche Bestzeit im Marathonlauf auf. Ihm gelang damit die Qualifikation für die Olympischen Spiele 2020.[12] Im März 2021 erkrankte Pfeiffer an COVID-19, weshalb er sein Training für vier Wochen pausieren musste.[13] Im Marathonlauf bei den Olympischen Spielen erreichte er am 8. August 2021 mit einer Zeit von 2:20:43 h den 50. Platz.[14]