Seit 1993 ist Schmidinger Professor am Fachbereich Philosophie an der Katholisch-Theologischen Fakultät der Universität Salzburg, zu deren Dekan er 1995 gewählt wurde. Im Jahr 1999 wurde Schmidinger Vizerektor für Ressourcen und Stellvertreter des Universitätsrektors Adolf Haslinger. Zu dessen Nachfolger wurde er im Jahr 2001 bestellt.
Am 21. Februar 2019 wurde Hendrik Lehnert vom Universitätsrat zum Rektor der Universität Salzburg gewählt. Er folgte Schmidinger in dieser Funktion mit 1. Oktober 2019 nach.[5] Für die Funktionsperiode 2023 bis 2028 wurde er Mitglied des Universitätsrates der Universität Innsbruck.[6]
Schmidinger ist verheiratet und hat drei Kinder.
Schriften
Das Problem des Interesses und die Philosophie Sören Kierkegaards, Reihe Symposion Band 67, Verlag Karl Alber, Freiburg/München 1983, ISBN 3-495-47508-7
Nachidealistische Philosophie und christliches Denken. Zur Frage nach der Denkbarkeit des Unvordenklichen, Reihe Symposion Band 74, Verlag Karl Alber, Freiburg/München 1985. ISBN 3-495-47579-6
Der Mensch ist Person. Ein christliches Prinzip in theologischer und philosophischer Sicht, Tyrolia Verlag, Innsbruck/Wien 1994
Hat Theologie Zukunft? Ein Plädoyer für ihre Notwendigkeit, TOPOS-PLUS-Taschenbuch 362, Innsbruck/Wien 2000