Halorubrum

Halorubrum

Halorubrum lacusprofundi, parasitiert[1] von
Ca. Nano­halo­archaeum antarcticus (Nanohaloarchaeota)

Systematik
Domäne: Archaeen (Archaea)
Abteilung: Euryarchaeota
Klasse: Halobacteria
Ordnung: Haloferacales[2][3]
Familie: Halorubraceae[2][3]
Gattung: Halorubrum
Wissenschaftlicher Name
Halorubrum
McGenity & Grant 1996

Halorubrum ist eine Gattung extrem halophiler (salzliebender) Archaeen aus der Klasse Halobacteria (Haloarchaeen). Innerhalb dieser Klasse wird sie in neuerer Taxonomie als Typusgattung der Familie Halorubraceae (Ordnung Haloferacales) klassifiziert,[2][3] gegenüber der herkömmlichen Zuordnung in die Familie Halobacteriaceae (Ordnung Halobacteriales).[4]

Halorubrum-Arten kommen vor im Toten Meer, im Großen Salzsee (Utah), im Zabuye-Salzsee (Tibet), im Deep Lake (Prinzessin-Elisabeth-Land, Antarktis) und anderen Gewässern mit hoher Salzkonzentration.[5][6][7][8]

Horizontaler Gentransfer

Populationen Halorubrum-Arten sind teilweise in der Lage, in ihrer natürlichen Umgebung mit hoher Salzkonzentration häufig genetische Informationen durch Rekombination auszutauschen (Horizontaler Gentransfer); dies konnte beispielsweise für H. lacusprofundi nachgewiesen werden. Solche Populationen können dadurch eine Gleichgewichtsverteilung ihrer DNA zeigen, die der sexuell interagierender Populationen nahekommt.[9][10]

Arten

Die hier angegebene Taxonomie (mit Stand Februar 2022) basiert auf folgenden Quellen:

Ein hochgestelltes [V] kennzeichnet Vertreter mit bekannten Viren, siehe unten im Abschnitt §Viren. Der Gattungsname wird, wenn es aus Gründen der Eindeutigkeit erforderlich ist, mit Hrr. abkekürzt.

Gattung: Halorubrum McGenity & Grant 1996 (L,B) bzw. (McGenity & Grant, 1996) emend. Oren, Arahal & Ventosa, 2009 (W), Synonym: Halorubrobacterium Kamekura & Dyall-Smith 1996 (L)

Die Gattung wird taxonomisch unterschiedlich zugeordnet:

Beide Ordnungen, Haloferacales wie Halobacteriales gelten als Mitglied der Euryarchaeota-Klasse Halobacteria (L,N,W).
Arten (Stand 8. Februar 2022; nach LPSN nicht korrekt publizierte (oder dort nicht geführte) Vertreter in Anführungszeichen):

  • Halorubrum aethiopicum Gibtan et al. 2018 (L,B,N), inklusive Halorubrum sp. SAH-A6 (N)
  • „Halorubrum africanae“ (B,N) – Stamm S7 (N)
  • Halorubrum aidingense Cui et al. 2006 (L,B,N)
  • „Halorubrum alimentarium“ (N), inkl. Halorubrum sp. B43 (N)
  • Halorubrum alkaliphilum Feng et al. 2005 (L,B,N),
mit Synonym
„Halorubrum novitatis“ (N)
  • Halorubrum amylolyticum Sun et al. 2020 (L,B,N), inkl. Halorubrum sp. ZC67 (N)
  • Halorubrum aquaticum Gutiérrez et al. 2011 (L,B,N), inkl. Halorubrum sp. EN-2 (N)
  • Halorubrum californiense Pesenti et al. 2008 (L,B,N), mit Schreibvariante Halorubrum californiensis
  • Halorubrum cibi Roh & Bae 2009 (L,B,N,W),[14] identifiziert mit „Halorubrum cibarium“ (N) als Schreibvariante
  • „Halorubrum constantinense“ (N) – Stamm 1'2 (N)
  • Halorubrum coriense (Kamekura & Dyall-Smith 1996) Oren & Ventosa 1996 (L,B,N,C),
früher Halorubrobacterium coriense corrig. Kamekura & Dyall-Smith 1996 (N), mit Schreibvariante Halorubrobacterium coriensis (N)[V]
  • Halorubrum depositum Chen et al. 2019 (L,B,N)
  • Halorubrum distributum (Zvyagintseva & Tarasov 1989) Oren & Ventosa 1996 (L,B,N,C) bzw. (Zvyagintseva & Tarasov 1989) Oren & Ventosa 1996 emend. Infante-Domínguez et al.,
früher Halobacterium distributum corrig. Zvyagintseva & Tarasov 1989 (N), mit Schreibvariante Halobacterium distributus (B,N), Halorubrobacterium distributum (N),
mit Synonymen[A 1]
Halorubrum arcis Xu et al. 2007 (L,N)
Halorubrum litoreum Cui et al. 2007 (L,N)
Halorubrum terrestre Ventosa et al. 2004 (L,N,C)
  • Halorubrum ejinorense Castillo et al. 2007 (L,B,N), inkl. Halorubrum sp. EJ-32 (N)
  • Halorubrum ezzemoulense Kharroub et al. 2006 (L,B,N),
mit Synonym
Halorubrum chaoviator Mancinelli et al. 2009 (L,B,N),[15] inkl. Halobacterium sp. AUS-1, Halorubrum sp. HALO-G*, Halophilic archaeon Naxos II (N)
  • Halorubrum gandharaense Kondo et al. 2015 (L,B,N), inkl. Halorubrum sp. MK13-1, Halophilic archaeon MK13-1 (N)
  • Halorubrum glutamatedens Xu et al. 2019 (L,N)
  • Halorubrum halodurans Corral et al. 2016 (L,B,N), inkl. Halorubrum sp. C170, Halorubrum sp. Cb34 (N)
  • Halorubrum halophilum Yim et al. 2014 (L,B,N), inkl. Halorubrum sp. B8 (N)
  • „Halorubrum hochstenium“ (N) – Stamm ATCC 700873 (N)
  • „Halorubrum jeotgali“ (N) – Stamm A30 (N)
  • Halorubrum kocurii Gutiérrez et al. 2008[16] (L,B,N) — Lake Bagaejinnor (45,148° N, 116,6046° O, Innere Mongolei, China)
  • Halorubrum lacusprofundi (Franzmann et al. 1989) McGenity & Grant 1996 (L,B,N,C),
früher Halobacterium lacusprofundi Franzmann et al. 1989 (N), Halorubrobacterium lacusprofundi (Franzmann et al. 1989) Kamekura & Dyall-Smith 1996 (N)[17][18]
  • Halorubrum laminariae Han & Cui 2015 (L,B,N), inkl. Halobacteriaceae archaeon R60, Halobacteriaceae archaeon R61 (N)
  • Halorubrum lipolyticum Cui et al. 2006 (L,B,N), inkl. Halorubrum sp. 9-3 (N)
  • Halorubrum luteum Hu et al. 2008 (L,B,N), inkl. Halorubrum sp. CGSA15 (N)
  • Halorubrum orientale Castillo et al. 2006 (L,B,N), mit Schreibvariante Halorubrum orientalis
  • Halorubrum pallidum Chen et al. 2016 (L,B,N), inkl. Halorubrum sp. PJ61 (N)
  • Halorubrum persicum Corral et al. 2015 (L,B,N), inkl. Halorubrum sp. C49 (N)
  • Halorubrum rubrum Qiu et al. 2014 (L,B,N), inkl. Halobacteriaceae archaeon YC87, Halobacteriaceae archaeon YCA11 (N)
  • Halorubrum rutilum Yin et al. 2016 (L,B,N), inkl. Halobacteriaceae archaeon YJ-18-S1 (N)
  • Halorubrum saccharovorum (Tomlinson & Hochstein 1977) McGenity & Grant 1996 (L,B,C) – Typus (L),
früher Halobacterium saccharovorum Tomlinson & Hochstein 1977 (N), Halorubrobacterium saccharovorum (Tomlinson & Hochstein 1977) Kamekura & Dyall-Smith 1996 (N)
  • Halorubrum salinarum Han et al. 2022 (L,N)[19]
  • Halorubrum salinum Zhang & Cui 2014 (L,B,N), inkl. Halobacteriaceae archaeon GX71 (N)
  • „Halorubrum salipaludis“ Gong et al. 2021 (L,N),[20] inkl. Halorubrum sp. WN019 (N)
  • Halorubrum salsamenti Chen et al. 2019 (L,B,N)
  • „Halorubrum salsolis“ – aus dem Großen Salzsee (Great Salt Lake, GSL), Utah[21][22][23][24]
  • „Halorubrum sfaxense“ Trigui et al. 2011 (L,B,N), inkl. Halorubrum sp. ETD6 (N)
  • Halorubrum sodomense (Oren 1983) McGenity & Grant 1996 (L,B,N,C),
früher Halobacterium sodomense Oren 1983 (N), Halorubrobacterium sodomense (Oren 1983) Kamekura & Dyall-Smith 1996 (N)[V]
  • Halorubrum tebenquichense Lizama et al. 2002 (L,B,N,C)
  • Halorubrum tibetense Fan et al. 2004 (L,B,N)
  • Halorubrum trapanicum (Petter 1931) McGenity & Grant 1996 (L,B,N,C),
. früher "Bacterium trapanicum" Petter 1931 (N), Halobacterium trapanicum (Petter 1931) Elazari-Volcani 1957 (N)
  • „Halorubrum tropicale“ Sanchez-Nieves et al. 2016 (L,N), inkl. Halorubrum sp. 5, Halorubrum sp. V5 (N)
  • Halorubrum trueperi Chen et al. 2017 (L,B,N)
  • Halorubrum vacuolatum (Mwatha & Grant 1993) Kamekura et al. 1997 (L,B,N,C),
früher Natronobacterium vacuolatum corrig. Mwatha & Grant 1993 (N), mit Schreibvariante Natronobacterium vacuolata (N)
  • Halorubrum xinjiangense Feng et al. 2004 (L,B,N)
  • Halorubrum yunnanense Chen et al. 2015 (L,B,N), inkl. Halorubrum sp. Q85, Halorubrum sp. Q86 (N)

Als mögliche weitere Arten sind bei NCBI weitere Stämme gelistet[25] (Auswahl):

sowie:

  • Halorubrum sp. LR1-15 (D), siehe §Viren
  • Halorubrum sp. LR1-21 (D), siehe §Viren
  • Halorubrum sp. LR1-23 (N)[27] – Lake Retba Sample 1 aus dem Retba-See, Senegal, siehe §Viren
  • Halorubrum sp. LR2-12 (N)[28] – Lake Retba Sample 2 aus dem Retba-See, Senegal, siehe §Viren
  • Halorubrum sp. LR2-13 (D), siehe §Viren
  • Halorubrum sp. LR2-17 (N)[29] – Lake Retba Sample 2 aus dem Retba-See, Senegal, siehe §Viren

Etymologie

Die Quelle der folgenden Etymologien ist LPSN[2] (bis auf „H. salsolis“):

Der Gattungsname Halorubrum leitet sich ab von altgriechisch ἅλς háls „Salz, Meer“ (Genitiv ἁλός halós) sowie lateinisch rubrum „rot“ (als Neutrum) und bedeutet „salziges/Salz benötigendes Rotes“.

Etymologie der Art-Epitheta (Auswahl):

  • coriense – neulateinisch mit der Bedeutung „zu Corio gehörig, von Corio stammend“, was sich auf Salinen von Corio Bay (Australien) bezieht
  • ejinorense – neulateinisch mit der Bedeutung „zu Ejinor gehörig, von Ejinor stammend“, was sich auf den Ejinor-See (Innere Mongolei, China) bezieht
  • lacusprofundi – von lateinisch lacus profundus „(bodenlos/unergründlich) tiefer See“ (Genitiv: lacūs profundi „des tiefen Sees“), was sich auf den Deep Lake (Antarktis) bezieht
  • saccharovorum – von lateinisch saccharum „Zucker“ sowie vorare „fressen, verschlingen“ und davon abgeleitet vorum „etwas, das verschlingt oder frisst“; die Bedeutung ist also „etwas, das Zucker vertilgt“
  • sodomense – neulateinisch mit der Bedeutung „zu Sodom gehörig, von Sodom stammend“; das biblische Sodom liegt am Toten Meer
  • tibetense – neulateinisch mit der Bedeutung „zu Tibet gehörig, von Tibet stammend“
  • xinjiangense – neulateinisch mit der Bedeutung „zu Xinjiang gehörig, von Xinjiang stammend“
  • salsolis — von lateinisch sal „Salz“ und sol „Sonne“ (Genitiv solis), was zwei der wichtigsten Merkmale dieser im ersten Jahrzehnt des 21. Jahrhunderts neu entdeckten halophilen Art beschreibt[21]

Die Ortsbezüge verweisen alle auf den jeweiligen Ort der erstmaligen Isolation, das heißt den Ursprungsort des Referenzstammes.

Halorubrum saccharovorum

H. saccharovorum ist die Typusart der Gattung Halorubrum und wurde ursprünglich von Tomlinson und Hochstein 1977 als Halobacterium saccharovorum beschrieben.[2] Der Referenzstamm ist M6 (alias ATCC:29252 oder DSM:1137)[3]

Der Stamm M6 ist ein mesophiles Archaeon, das aus Salinen in der Bucht von San Francisco im US-Bundesstaat Kalifornien isoliert wurde.[11]

Halorubrum ejinorense

H. ejinorense ist eine mesophile Spezies, die erstmals 2007 von Ana M. Castillo et al. aus dem Ejinor-See (额吉淖尔 Éjínào'ěr, 45,2333° N, 116,5333° O[30], Xilin Gol) in der Inneren Mongolei, China, isoliert wurde, Referenzstamm ist EJ-32 alias JCM:14265.[3][31][11]

Halorubrum lacusprofundi

H. lacusprofundi[18] wurde erstmals in den 1980er Jahren von Peter Franzmann et al. aus dem Deep Lake in der Antarktis isoliert[32] (Referenzstamm ACAM 34 alias ATCC:49239 oder DSM:5036).[6][3][33]

Sein 2006 sequenziertes Genom besteht aus zwei DNA-Doppelsträngen („Chromosomen“) mit einer Länge von 2,74 Mbp (Mega-Basenpaaren) respektive 0,53 Mbp, sowie einem Plasmid mit 0,43 Mbp.[6] Es kodiert das Enzym β-Galaktosidase, welches ausgiebig untersucht wurde, um zu verstehen, wie solche Proteine in Umgebungen mit niedrigen Temperaturen und hohem Salzgehalt funktionieren.[34][35] Ein Stamm von H. lacusprofundi enthält ein Plasmid für den horizontalen Gentransfer (HGT). Der HGT-Mechanismus erfolgt durch vesikelumhüllte virusähnliche Partikel (en. virus-like particles, VLPs).[10]

Halorubrum lacusprofundi wird parasitiert von dem Epibointen Ca. Nanohaloarchaeum antarcticus (Nanohaloarchaeota).[1][8]

Halorubrum sodomense

H. sodomense wurde erstmals von Aharon Oren 1980 aus dem Toten Meer isoliert (Referenzstamm RD 26 alias ATCC 33755 und DSM 3755).[36][2][3]

Es benötigt für sein Wachstum eine höhere Konzentration an Mg2+-Ionen als verwandte Halophile.[36] Seine Zellmembran (an der Oberfläche) enthält Archaerhodopsin-3 (AR3, auuch Bacteriorhodopsin-3, BR3). Dies ist ein Photorezeptorprotein, das die Energie des Sonnenlichts nutzt, um Protonen (Wasserstoff-Ionen H+, genauer Hydrogenium-Ionen H3O+) zu für die ATP-Synthese zu pumpen.[37][38]

Mutanten von AR3 werden häufig als Werkzeuge in der Optogenetik für die neurowissenschaftliche Forschung verwendet.[39]

Halorubrum tibetense

H. tibetense wurde erstmals 2004 von Fan et al. aus dem Zabuye-Salzsee in Tibet, isoliert (Referenzstamm 8W8 alias DSM 23565 und JCM 11889).[40]

Halorubrum xinjiangense

H. xinjiangense wurde erstmals 2004 von Feng et al. aus dem Xiao-Er-Kule-See (Xiao'er Kule[41]) in Xinjiang, China, isoliert (Referenzstamm BD-1 alias DSM 21996 und JCM 12388).[42]

Halorubrum sp. GSL5.48 und „Halorubrum salsolis“

Im Großen Salzsee (en. Great Salt Lake, GSL) im US-Bundesstaat Utah wurden Bakterian und Archaeen gefunden, die dort bei einer Salzkonzentration von 2 bis 5 ᴍ (mol/ℓ) leben,[43] insbesondere Vertreter der Haloarchaeen (Klassen Halobacteria). Neben einem Stamm (bzw. Spezies) mit der vorläufigen Bezeichnung Halobacterium sp. GSL-19 (2019 isoliert und 2021 veröffentlicht von Priya DasSarma et al).[44][45] auch Vertreter der Gattung Halorubrum, wie Halorubrum sp. GSL5.48. Die 16S rRNA wurde bereits 1997/1998 von Terry McGenity et al. untersucht (die Zuordnung dieses Stamms zur Gattung Halorubrum erfolgte aber erst später).[46][7]

Ein weiterer – damit offenbar nicht identischer (noch nicht offiziell beschriebener/veröffentlichter) Halorubrum-Vertreter im Großen Salzsee wurde von Ashlee Allred, Bonnie Baxter et al. isoliert. Dieser Organismus trägt die Bezeichnung „Halorubrum salsolis“,[47] die 2006 von zwei Jugendlichen (Duncan Uszkay, damals 8 Jahre, und Hannah Walsh, damals 11 Jahre) unabhängig voneinander vorgeschlagen wurde, an einem von den Entdeckern des Organismus veranstalteten Namenswettbewerb teilnahmen.[21][22][23][23] Abgesehen davon, dass dieser Organismus in Wasser lebt, das zehnmal salziger ist als der Ozean ist,[21][48] enthält er Carotinoide, die ihn resistent gegen Ultraviolettstrahlung machen.[21][43] „H. salsolis“ hat sich auch als lebensfähig erwiesen, nachdem es über einen längeren Zeitraum zu einem festen Kristall getrocknet wurde.[48] Auch von diesem Organismus wurde die 16S rRNA analysiert.[24] Aufgrund dieser Eigenschaften erschien eine Gensequenzierung besonders interessant, ein Transfer von Genen für Salz- und UV-Resistenz von diesem Organismus in Weizen, Mais und andere Nutzpflanzen könnte nach Dakota Ted Carter et al. dazu beitragen, den Hunger in der Welt zu bekämpfen, indem die Ernteerträge oder die Toleranz gegenüber stark salzhaltigen Böden erhöht werden – so die Idee. Für diesen Zweck wurden DNA-Fragmente mit Hilfe von Plasmidvektoren in den hitzeschockkompetenten Stamm Escherichia coli 5a transformiert. Zur Identifizierung von Salinitätsgenen wurde vorgeschlagen, diese in salz- und UV-empfindliche Schwestertaxa von „H. salsolis“ zu übertragen, um danach die Verträglichkeit dieser künstlichen Mutanten zu testen.[48] Unabhängig davon, dass noch keine Veröffentlichung vorliegt, scheint sich „H. salsolis“ immer mehr als Referenz zu etablieren.[24][49]

Viren

Die Kenntnis der Viren, die eine Gattung oder Art parasitieren, ist für das Verständnis ihrer Ökologie unerlässlich. Typisch für Archaeen sind zwei große Gruppen von Halorubrum-Viren:

  • Viren mit Kopf-Schwanz-Aufbau (Klasse Caudoviricetes), die typischerweise Bakterien parasitieren, einige aber auch Archaeen.
  • Viren mit spindel-, flaschen- oder zitronenförmiger Morphologie, die nur Archaeen parasitieren. Mit Stand Februar 2022 gibt es noch keine allumfassende Taxonomie dieser im Wirtsspektrum und Aussehen ähnlichen Viren.[50]

Die hier angegebene Übersicht (mit Stand Februar 2022) basiert auf folgenden Quellen:

Vorgeschlagene (ICTV-unbestätigte) Halorubrum-Viren sind in Anführungszeichen wiedergegeben (H. meint hier stets Halorubrum):

  • Klasse Huolimaviricetes, Ordnung Haloruvirales
  • Spezies Alphapleolipovirus HRPV1 (I), Stamm Halorubrum pleomorphic virus 1 (HRPV-1) (N) – Wirt: H. sp. PV6 (N,D)
  • Spezies Alphapleolipovirus HRPV2 (I), Stamm Halorubrum pleomorphic virus 2 (HRPV-2) (N) – Wirt: H. sp. SS5-4" (N,D)
  • Spezies Alphapleolipovirus HRPV6 (I), Stamm Halorubrum pleomorphic virus 6 (HRPV-6) (N) − Wirt: H. sp. SS7-4" (N,D)
  • Spezies Betapleolipovirus HRPV3 (I), Stamm Halorubrum pleomorphic virus 3 (HRPV-3) (N) − Wirt: H. sp. SP3-3 (N,D)
  • Spezies Betapleolipovirus HRPV9 (I), Stamm Halorubrum pleomorphic virus 9 (HRPV-9) alias Stamm B2-2/SS5-4 (N) − Wirte: H. sp. SS5-4 (D), H. sp. SS7-4 (D)
  • Spezies Betapleolipovirus HRPV10 (I), Stamm Halorubrum pleomorphic virus 10 (HRPV10) − Wirte: H. sp. LR2-17 (N,D), H. sp. LR2-12 (D)
  • Spezies Betapleolipovirus HRPV11 (I), Stamm Halorubrum pleomorphic virus 11 (HRPV11) (N) − Wirte: H. sp. LR2-12 (N,D), H. sp. LR1-15 (D), H. sp. LR1-21 (D), H. sp. LR2-13, (D), H. sp. E200-4 (D)
  • Spezies Betapleolipovirus HRPV12 (I), Halorubrum pleomorphic virus 12 (HRPV12) (N) − Wirte: H. sp. LR1-23 (N,D), H. sp. LR2-12 (D)
  • Keiner Gattung zugewiesene Vorschläge innerhalb der Familie Pleolipoviridae:
  • Spezies „Halorubrum virus Humcor2“ (N) − Wirt: Halorubrum coriense (N)
  • Spezies „HRPV7“, Stamm Halorubrum pleomorphic virus 7 (HRPV-7) (D,P) − Wirte: Halorubrum sp. SS7-4 (D), H. sp. SS7-4 (D)
  • Spezies „HRPV8“, Stamm Halorubrum pleomorphic virus 8 (HRPV-8) (D,P) − Wirte: H. sp. SP3-3 (D), H. sp. SS8-2 (D)
●  Gattung Haloferacalesvirus (alias Hfunalikevirus)…
  • Spezies Halorubrum Tailed Virus 5 (I), Stamm Halovirus HRTV-5 (N) − Wirt: H. sp. s5a-3 (N)
  • Spezies Halorubrum Tailed Virus 7 (I), Stamm Halovirus HRTV-7 (N) − Wirt: H. sp. B2-2 (N)
  • Spezies Halorubrum Tailed Virus 8 (I), Stamm Halovirus HRTV-8 (N) − Wirt: H. sp. B2-2 (N)
  • Spezies Halorubrum virus HF2 (I), Stamm Halorubrum phage HF2 (N)[12] − Wirt: H. coriense (N)
  • Spezies „Halorubrum virus HRTV-2“ (N) − Wirt: H. sp. (N) – Wirtsspezies nicht näher bestimmt
  • Spezies „Halorubrum virus HRTV-9“ (N) − Wirt: H. sp. (N)
  • Spezies „Halorubrum virus HRTV-10“ (N) − Wirt: H. sp. (N)
  • Spezies „Halorubrum virus HRTV-11“ (N) − Wirt: H. sp. (N)
  • Spezies „Halorubrum virus HRTV-13“ (N) − Wirt: H. sp. (N)
  • Spezies „Halorubrum virus HRTV-14“ (N) − Wirt: H. sp. (N)
  • Spezies „Halorubrum virus HRTV-15“ (N) − Wirt: H. sp. (N)
  • Spezies „Halorubrum virus HRTV-16“ (N) − Wirt: H. sp. (N)
  • Spezies „Halorubrum virus HRTV-17“ (N) − Wirt: H. sp. (N)
  • Spezies „Halorubrum virus HRTV-18“ (N) − Wirt: H. sp. (N)
  • Spezies „Halorubrum virus HRTV-19“ (N) − Wirt: H. sp. (N)
  • Spezies „Halorubrum virus HRTV-20“ (N) − Wirt: H. sp. (N)
  • Spezies „Halorubrum virus HRTV-21“ (N) − Wirt: H. sp. (N)
  • Spezies „Halorubrum virus HRTV-22“ (N) − Wirt: H. sp. (N)
  • Spezies „Halorubrum virus HRTV-23“ (N) − Wirt: H. sp. (N)
  • Spezies „Halorubrum virus HRTV-24“ (N) − Wirt: H. sp. (N)
  • Spezies „Halorubrum virus HRTV-25“ (N) − Wirt: H. sp. (N)
  • Spezies „Halorubrum virus HRTV-26“ (N) − Wirt: H. sp. (N)
  • Spezies „Halorubrum virus HRTV-27“ (N) − Wirt: H. sp. (N)
  • Spezies „Halorubrum virus HSTV-3“ (N) − Wirt: H. sodomense (N)
  • Spezies „Halorubrum virus HSTV-4“ (N) − Wirt: H. sodomense (N)
  • Spezies „Halorubrum virus Hardycor2“ (N) − Wirt: H. coriense (N)
  • Spezies „Halorubrum virus Serpecor1“ (N) − Wirt: H. coriense (N)
  • Spezies „Halorubrum virus VOLN27B“ (N) − Wirt: H. sp. LN27 (N)
  • Keiner Gattung zugewiesene Vorschläge vom Morphotyp der Myoviren:
    • Spezies „Halorubrum virus HATV-2“ (N) − Wirt: H. sp. (N)
  • Morphotyp Siphoviren
    • Gattung Beejeyvirus
      • Spezies Beejeyvirus BJ1 (I), früher Archaeal BJ1 virus, de. Archaeenvirus BJ1; Wirt: Halorubrum cf. saccharovorum (N)[53]
    • Gattung Seejivirus
      • Spezies Halorubrum-Virus CGphi46 (N), wissenschaftlich Seejivirus CGphi46 (I)[54]
    • Gattung Dpdavirus (Familie Haloferuviridae)
      • Spezies Dpdavirus HRTV29, früher Halorubrum tailed virus 29 (I)
    • Gattung Saldibavirus (Familie Haloferuviridae)
      • Spezies Saldibavirus HRTV4, früher Halorubrum tailed virus 4 (I)
    • Keiner Gattung zugewiesene Vorschläge vom Morphotyp der Siphovirien:
      • Spezies „Halorubrum virus Humcor1“ (N) − Wirt: H. coriense (N)
  • Keiner Ordnung, Familie oder Gattung zugewiesene Vorschläge innerhalb der Klasse Caudoviricetes:
  • Spezies „Halorubrum virus HATV-3“ (N) − Wirt: H. sp. (N)
  • Spezies „Halorubrum virus HRTV-28“ (N) − Wirt: H. sp. (N)
  • Spezies „Halorubrum virus HRTV-29“ (N) − Wirt: H. sp. (N)

Anmerkungen

  1. ↑ NCBI nennt eine „Halorubrum distributum group“ (ähnlich einer Untergattung) mit H. distributum und seinen hier gelisteten Synonymen als Mitgliedsarten.

Literatur

Beschreibungen in der wissenschaftlichen Literatur

  • Aharon Oren, Antonio Ventosa: International Committee on Systematic Bacteriology Subcommittee on the taxonomy of Halobacteriaceae. Minutes of the meetings, 1999-08-16, Sydney, Australia. In: Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 50. Jahrgang, Nr. 3, Mai 2000, S. 1405–1407, doi:10.1099/00207713-50-3-1405, PMID 10843089 (englisch, microbiologyresearch.org).
  • Aharon Oren, Antonio Ventosa: A proposal for the transfer of Halorubrobacterium distributum and Halorubrobacterium coriense to the genus Halorubrum as Halorubrum distributum comb. nov. and Halorubrum coriense comb. nov., respectively. In: Int. J. Syst. Bacteriol. 46. Jahrgang, Nr. 4, 1. Oktober 1996, S. 1180, doi:10.1099/00207713-46-4-1180 (englisch, microbiologyresearch.org).
  • Terry J. McGenity, William D. Grant: Transfer of Halobacterium saccharovorum, Halobacterium sodomense, Halobacterium trapanicum NRC 34021 and Halobacterium lacusprofundi to the genus Halorubrum gen. nov., as Halorubrum saccharovorum comb. nov., Halorubrumsodomense comb. nov., Halorubrum trapanicum comb. nov., and Halorubrum lacusprofundi comb.nov. In: Syst. Appl. Microbiol. 18. Jahrgang, Nr. 2, 1995, S. 237–243, doi:10.1016/s0723-2020(11)80394-2 (englisch, sciencedirect.com).
  • Masahiro Kamekura, Michael L. Dyall-Smith: Taxonomy of the family Halobacteriaceae and the description of two new genera Halorubrobacterium and Natrialba. In: J. Gen. Appl. Microbiol. 41. Jahrgang, Nr. 4, 1995, S. 333–350, doi:10.2323/jgam.41.333 (englisch, jst.go.jp).
  • Matthew S. Fullmer, Shannon M. Soucy, Kristen S. Swithers, Andrea M. Makkay, Ryan Wheeler, Antonio Ventosa, J. Peter Gogarten, R. Thane Papke: Population and genomic analysis of the genus Halorubrum. In: Frontiers in Microbiology. 5. Jahrgang, Nr. 140, 11. April 2014, doi:10.3389/fmicb.2014.00140, PMID 24782836, PMC 3990103 (freier Volltext) – (englisch, frontiersin.org).

Standardwerke

  • Norman Edwin Gibbons: Bergey's Manual of Determinative Bacteriology. Hrsg.: Robert Earle Buchanan, Norman Edwin Gibbons. 8. Auflage. The Williams & Wilkins Co., Baltimore 1974, ISBN 0-683-01117-0, Family V. Halobacteriaceae fam. nov. (englisch, archive.org).

Einzelnachweise

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  2. ↑ a b c d e f g LPSN: Halorubrum McGenity and Grant 1996, Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen (DSMZ)
  3. ↑ a b c d e f g h NCBI: Halorubrum, Details: Halorubrum McGenity and Grant 1996 emend. Oren et al. 2009 (genus, heterotypic synonym: Halorubrobacterium Kamekura and Dyall-Smith 1996); graphisch: Halorubrum, auf: LifeMap NCBI Version.
  4. ↑ a b WoRMS: Halorubrum (McGenity & Grant, 1996) emend. Oren, Arahal & Ventosa, 2009
  5. ↑ Search results: Halorubrum, auf: MicrobeWiki, Kenyon College, Department of Biology
  6. ↑ a b c Iain J. Anderson, Priya DasSarma, Susan Lucas, Alex Copeland, Alla Lapidus, Tijana Glavina Del Rio, Hope Tice, Eileen Dalin, David C. Bruce, Lynne Goodwin, Sam Pitluck, David Sims, Thomas S. Brettin, John C. Detter, Cliff S. Han, Frank Larimer, Loren Hauser, Miriam Land, Natalia Ivanova, Paul Richardson, Ricardo Cavicchioli, Shiladitya DasSarma, Carl R. Woese, Nikos C. Kyrpides: Complete genome sequence of the Antarctic Halorubrum lacusprofundi type strain ACAM 34. In: Standards in Genomic Sciences. 11. Jahrgang, Nr. 1, 10. September 2006, S. 70, doi:10.1186/s40793-016-0194-2, PMID 27617060, PMC 5018182 (freier Volltext) – (englisch, biomedcentral.com).
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  8. ↑ a b Joshua N. Hamm, Yan Liao, Andriko von Kügelgen, Nina Dombrowski, Evan Landers, Christopher Brownlee, Emma M. V. Johansson, Renee M. Whan, Matthew A. B. Baker, Buzz Baum, Tanmay A. M. Bharat, Iain G. Duggin, Anja Spang, Ricardo Cavicchioli: The parasitic lifestyle of an archaeal symbiont. In: Nature Communications, Band 15, Nr. 6449, 31. Juli 2024 (englisch). Dazu:
  9. ↑ R. Thane Papke, Jeremy E. Koenig, Francísco Rodríguez-Valera, W. Ford Doolittle: Frequent recombination in a saltern population of Halorubrum. In: Science. 306. Jahrgang, Nr. 5703, Dezember 2004, S. 1928–1929, doi:10.1126/science.1103289, PMID 15591201, bibcode:2004Sci...306.1928P (englisch).
  10. ↑ a b Susanne Erdmann, Bernhard Tschitschko, Ling Zhong, Mark J. Raftery, Ricardo Cavicchioli: A plasmid from an Antarctic haloarchaeon uses specialized membrane vesicles to disseminate and infect plasmid-free cells. In: Nature Microbiology. 2. Jahrgang, Nr. 10, 9. September 2017, S. 1446–1455, doi:10.1038/s41564-017-0009-2, PMID 28827601 (englisch).
  11. ↑ a b c BacDive: Halorubrum - Bacterial Diversity Metadatabase, Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen (DSMZ)
  12. ↑ a b Search results for "Halorubrum", Catalogue of Life
  13. ↑ a b Tatiana A. Demina, Hanna M. Oksanen: Pleomorphic archaeal viruses: the family Pleolipoviridae is expanding by seven new species. In: Archives of Virology, Band 165, S. 2723​–2731, 24. Juni 2020; doi:10.1007/s00705-020-04689-1, PMID 32583077, PMC 7547991 (freier Volltext). Siehe insbes. Tbl. 1.
  14. ↑ WoRMS: Halorubrum cibi Roh & Bae, 2009
  15. ↑ Ines Boujelben, Manuel Martínez-García, Jos van Pelt, Sami Maalej: Diversity of cultivable halophilic archaea and bacteria from superficial hypersaline sediments of Tunisian solar salterns. In: Antonie van Leeuwenhoek. 106. Jahrgang, Nr. 4, Oktober 2014, S. 675–692, doi:10.1007/s10482-014-0238-9, PMID 25064091 (englisch, springer.com).
  16. ↑ M. Carmen Gutiérrez, A. M. Castillo, E. Pagaling, Shaun Heaphy, M. Kamekura, Y. Xue, Y. Ma, D. A. Cowan, B. E. Jones, W. D. Grant, Antonio Ventosa: Halorubrum kocurii sp nov., an archaeon isolated from a saline lake. In: International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Band 58, Nr. 9, Oktober 2008, S. 2031​-2035; doi:10.1099/ijs.0.65840-0, PMID 18768599, ResearchGate.
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  18. ↑ a b Halorubrum lacusprofundi ATCC 492939
  19. ↑ Ho Le Han, Reneelyn E. Danganan, Zhun Li, Na-Ri Shin, Reuel M. Bennett, Gina R. Dedeles, Song-Gun Kim: Halorubrum salinarum sp. nov., an extremely halophilic archaeon isolated from a saturated brine pond of a saltern. In: International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Band 72, Nr. 1, 17. Januar 2022, doi:10.1099/ijsem.0.005231.
  20. ↑ Qi Gong, Pu Zhao, Shaohua Miao, Keke Yi, Chunhong Ma, Guishan Zhang: Halorubrum salipaludis sp. nov., isolated from the saline—alkaline soil. In: Archives of Microbiology, Band 204, Nr. 103, 2022; doi:10.1007/s00203-021-02729-1.
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  22. ↑ a b Elin Kelsey: Strange New Species: Astonishing Discoveries of Life on Earth, Owlkids/Maple Tree Press/Turtleback, 8. September 2005, 96 Seiten, ISBN 1-897066-32-5 ( ISBN 978-1-897066-31-7 und ISBN 978-1-897066-32-4). Review.
  23. ↑ a b c RISING STARS. In: Science. 312. Jahrgang, Nr. 5775. American Association for the Advancement, 12. Mai 2006, S. 843, doi:10.1126/science.312.5775.843a (englisch, sciencemag.org).
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  31. ↑ Ana M. Castillo, M. Carmen Gutiérrez, Masahiro Kamekura, Y. Xue, Y. Ma, D. A. Cowan, B. E. Jones, W. D. Grant, Antonio Ventosa: Halorubrum Ejinorense sp. nov., Isolated From Lake Ejinor, Inner Mongolia, China. In: International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 57. Jahrgang, Nr. 11, 1. November 2007, S. 2538–2542, doi:10.1099/ijs.0.65241-0, PMID 17978215 (englisch).
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  33. ↑ Bernhard Tschitschko et al.: Genomic variation and biogeography of Antarctic haloarchaea, in: Microbiome, Band 6, Nr. 113, 2018; doi:10.1186/s40168-018-0495-3.
    Ricardo Cavicchioli: Behind the paper: Antarctic haloarchaea – a unique Microbiome, in: Microbiology, 19. Juni 2018.
  34. ↑ Ram Karan, Melinda D. Capes, Priya DasSarma, Shiladitya DasSarma: Cloning, Overexpression, Purification, and Characterization of a Polyextremophilic β-galactosidase From the Antarctic Haloarchaeon Halorubrum lacusprofundi. In: BMC Biotechnol. 13. Jahrgang, 16. Januar 2013, S. 10.1186/1472–6750–13-3, doi:10.1186/1472-6750-13-3, PMID 23320757, PMC 3556326 (freier Volltext) – (englisch).
  35. ↑ Victoria J. Laye, Ram Karan, Jong-Myoung Kim, Wolf T. Pecher, Priya DasSarma, Shiladitya DasSarma: Key amino acid residues conferring enhanced enzyme activity at cold temperatures in an Antarctic polyextremophilic β-galactosidase. In: PNAS. 114. Jahrgang, Nr. 47, 6. November 2017, S. 12530​–12535, doi:10.1073/pnas.1711542114, PMID 29109294, PMC 5703305 (freier Volltext) – (englisch).
  36. ↑ a b Aharon Oren: Halobacterium sodomense sp. nov. a Dead Sea Halobacterium with an extremely high magnesium requirement. In: International Journal of Systematic Bacteriology. 33. Jahrgang, Nr. 2, 1. April 1983, S. 381–386, doi:10.1099/00207713-33-2-381 (englisch).
  37. ↑ Kunio Ihara, Tohru Umemura, Izumi Katagiri, Tomomi Kitajima-Ihara, Yasuo Sugiyama, Yoshiaki Kimura, Yasuo Mukohata: Evolution of the archaeal rhodopsins: evolution rate changes by gene duplication and functional differentiation. In: Journal of Molecular Biology. 285. Jahrgang, Nr. 1, Januar 1999, S. 163–174, doi:10.1006/jmbi.1998.2286, PMID 9878396 (englisch, sciencedirect.com).
  38. ↑ Juan F. Bada Juarez, Peter J. Judge, Suliman Adam, Danny Axford, Javier Vinals, James Birch, Tristan O. C. Kwan, Kin Kuan Hoi, Hsin-Yung Yen, Anthony Vial, Pierre-Emmanuel Milhiet, Carol V. Robinson, Igor Schapiro, Isabel Moraes, Anthony Watts: Structures of the archaerhodopsin 3 transporter reveal that disordering of internal water networks underpins receptor sensitization. In: Nature Communications. 12. Jahrgang, Nr. 1, 27. Januar 2021, S. 629, doi:10.1038/s41467-020-20596-0, PMID 33504778, PMC 7840839 (freier Volltext), bibcode:2021NatCo..12..629B (englisch, nature.com).
  39. ↑ Nicholas C. Flytzanis, Claire N. Bedbrook, Hui Chiu, Martin K. M. Engqvist, Cheng Xiao, Ken Y. Chan, Paul W. Sternberg, Frances H. Arnold, Viviana Gradinaru: Archaerhodopsin variants with enhanced voltage-sensitive fluorescence in mammalian and Caenorhabditis elegans neurons. In: Nature Communications. 5. Jahrgang, 15. September 2014, S. 4894, doi:10.1038/ncomms5894, PMID 25222271, PMC 4166526 (freier Volltext), bibcode:2014NatCo...5.4894F (englisch).
  40. ↑ Huapeng Fan, Yanfen Xue, Yanhe Ma, Antonio Ventosa, William D. Grant: Halorubrum tibetense sp. nov., a novel haloalkaliphilic archaeon from Lake Zabuye in Tibet, China. In: International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 54. Jahrgang, Nr. 4, 1. Juli 2004, S. 1213–1216, doi:10.1099/ijs.0.03032-0, PMID 15280294 (englisch).
  41. ↑ Xiao’erkule (de), Xiao’erkule (en), Mapcarta.
  42. ↑ Jie Feng, Pei-Jin Zhou, Shuang-Jiang Liu: Halorubrum xinjiangense sp. nov., a novel halophile isolated from saline lakes in China. In: International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 54. Jahrgang, Nr. 5, 1. September 2004, S. 1789–1791, doi:10.1099/ijs.0.63209-0, PMID 15388744 (englisch).
  43. ↑ a b Bonnie K. Baxter, Breanne Eddington, Misty R. Riddle, Tabitha N. Webster, Brian J. Avery: Great Salt Lake halophilic microorganisms as models for astrobiology: evidence for desiccation tolerance and ultraviolet irradiation resistance. In: SPIE Digital Library, Conference Proceedings, Band 6694, Optical Engineering + Applications, San Diego, 3. Oktober 2007; doi:10.1117/12.732621.
  44. ↑ NCBI: Halobacterium sp. GSL-19 (species); Halobacterium sp. GSL-19 chromosome, complete genome, NCBI Reference Sequence: NZ_CP070377.1
  45. ↑ Priya DasSarma, Brian P. Anton, Hedvig A. L. von Ehrenheim, Richard J. Roberts, Shiladitya DasSarma: Complete Genome Sequence of an Extremely Halophilic Archaeon from Great Salt Lake, Halobacterium sp. GSL-19. In: ASM Microbiology Re source Announcements, Band 10, Nr. 28, 15. Juli 2021; doi:10.1128/MRA.00520-21, PMID 34264097, PMC 8281068 (freier Volltext).
  46. ↑ Terry McGenity, Renia T. Gemmell, William D. Grant: Proposal of a new halobacterial genus Natrinema gen. nov., with two species Natrinema pellirubrum nom. nov. and Natrinema pallidum nom. nov. In: International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Band 48, Nr. 4, 1. Oktober 1998, Pt 4:1187-96; doi:10.1099/00207713-48-4-1187, PMID 9828420.
  47. ↑ Halorubrum salsolis, Encyclopedia of Life
  48. ↑ a b c Dakota Ted Carter, Sarah Marie van Dijk: Genomic Library Construction for the Archae Halorubrum salsolis Recently Discovered in the Great Salt Lake: MCRO058T, Intel International Science and Engineering Fair 2015. Provo, USUT04, Central Utah Science and Engineering Fair (englisch). Abstract.
  49. ↑ M. Grosselli, J. Aparicio, L. Vilegas, P. González, C. Almeida: Isolation And Use if Extremophiles in the Determination of Biochemical Oxygen Demand in Saline Wastewater. Congreso Argentino de Microbiología General SAMIGE, 2015. Abstract
  50. ↑ a b ICTV: ICTV Master Species List 2020.v1, New MSL including all taxa updates since the 2019 release, March 2021 (MSL #36)
  51. ↑ NCBI: Suche: "*Halorubrum*virus*" (Liste). Bei jedem Treffer auf die Detailansicht gehen, in der Box auf „Nucleotide“ bzw. „Protein“, und dann ggf. dort nochmals in die Detailansicht.
  52. ↑ Maija K. Pietilä, Elina Roine, Ana Sencilo, Dennis H. Bamford, Hanna M. Oksanen: Pleolipoviridae, a newly proposed family comprising archaeal pleomorphic viruses with single-stranded or double-stranded DNA genomes. In: Archives of Virology, Band 161, S. 249–256, 12. Oktober 2015; doi:10.1007/s00705-015-2613-x.
  53. ↑ NCBI: Archaeal BJ1 virus, equivalent: Archaeal virus BJ1 (species); Archaeal BJ1 virus complete genome: NC_008695.1
  54. ↑ NCBI: Halorubrum phage CGphi46 (species>)