Honnefelder ist Sohn des Hochschullehrers Kurt Honnefelder. Nach Studium der Germanistik und Philosophie sowie Promotion trat er beim Suhrkamp Verlag ein. Von 1979 bis 1996 war er Geschäftsführer der Verlagsgruppe. Zusammen mit Siegfried Unseld gründete er den Deutschen Klassiker Verlag als Tochterunternehmen des Insel Verlags. Von 1997 bis 2006 war Honnefelder geschäftsführender Gesellschafter des DuMont Buchverlages in Köln. 2006 übernahm er die Leitung des Verlags Berlin University Press.
