Die Gauliga Böhmen-Mähren wurde am 1. April 1943 unter Führung von SS-Obersturmführer Max Kopischke eingerichtet. Die Vereine aus Böhmen und Mähren spielten davor größtenteils in der Gauliga Sudetenland, die Vereine in den Sportkreisen Brünn und Iglau spielten zuvor in der Gauliga Donau-Alpenland. In der Saison 1943/44 nahmen 14 Mannschaften aufgeteilt in zwei Gruppen an der Gauliga teil. Gaumeister wurde der MSV Brünn und qualifizierte sich dadurch für die deutsche Fußballmeisterschaft 1943/44, bei der Brünn nach einer 3:6-Heimniederlage gegen den First Vienna FC bereits in der 1. Runde ausschied. Die Spielzeit 1944/45 sollte in drei Staffeln ausgespielt werden, kriegsbedingt fand kein Spielbetrieb mehr statt. Nach dem Zweiten Weltkrieg wurde Böhmen und Mähren wieder Teil der Tschechoslowakei, die deutschen Sportvereine wurden aufgelöst.
Saison 1943/44
In der Saison 1943/44 nahmen 14 Mannschaften aufgeteilt in zwei Gruppen an der Gauliga teil. In der Gruppe Böhmen spielten sechs Teams, die Gruppe Mähren bestand aus acht Mannschaften. Tabellenstände sind nur teilweise überliefert.
Zur Spielzeit 1944/45 wurden die Mannschaften in drei Gruppen eingeteilt. Bedingt durch Kriegswirren fand in der Saison 1944/45 kein Spielbetrieb mehr statt.
