Er ist zudem Standort einer Cooperative Security Location, einem Militärausrüstungslager der USA, das bei Bedarf zu einem Stützpunkt ausgebaut werden kann.
Im Jahr 1947 wurde der Bau des Flughafens beschlossen, 1951 wurde er offiziell durch die britische Thronfolgerin und spätere Königin Elisabeth II. eröffnet.
Am 29. März 1951 brachen die Piloten einer Vickers Valetta C.1 der Royal Air Force (LuftfahrzeugkennzeichenVW187) auf dem Flughafen Entebbe den Start aufgrund eines Triebwerkfehlers ab. Die Maschine überrollte das Startbahnende. Es gab keine Todesopfer; das Flugzeug wurde irreparabel beschädigt.[1]