Die heutige Staatsflagge geht auf die erste montenegrinische Flagge zurück, wie sie das Fürstentum Montenegro vor dem Berliner Kongress 1876 verwendet hat. Von 1876 bis 2004 verwendete Montenegro stets unterschiedliche, an die serbischepanslawische Trikolore angelehnte Flaggen.
Der goldene schreitende Löwe im Brustschild des Adlers ist ein altes montenegrinisches Nationalsymbol und wurde aus dem Wappen Montenegros übernommen.
In der sozialistischen Ära Jugoslawiens (SFRJ – Sozialistische Föderative Republik Jugoslawien) führte die Sozialistische Republik Montenegro die gleiche Flagge wie die Sozialistische Republik Serbien.
1994–2004
Mit Montenegro als Bestandteil Jugoslawiens zeigte die Flagge ebenfalls die rot-blau-weiße panslawische Trikolore und unterschied sich von der serbischen nur dadurch, dass sie das ungewöhnliche Seitenverhältnis von 1:3 hatte und das Rot und Blau ein helleres war als jenes der serbischen Flagge.