Piper beschreibt sich als „Spät-68er“ und sein Elternhaus als liberal-konservativ. Mit 18 Jahren trat er der SPD bei.[1] Nach dem Abitur 1972 studierte er Geschichte und Germanistik an der Universität München und ab 1974 an der Technischen Universität Berlin, wo er Philosophie hinzufügte und 1981 promoviert wurde. Ernst Piper lebt in Berlin.
1982 trat er in den Piper Verlag seines Vaters Klaus Piper ein, dessen geschäftsführender Gesellschafter mit 20 % der Anteile er von 1983 bis 1994 war. 1994 wurde der Verlag an die schwedische Bonnier-Gruppe verkauft, nachdem Ernst Piper bereits seinerseits mit anderen Interessenten Kontakt aufgenommen hatte.
Von 1997 bis 2000 war er Geschäftsführender Gesellschafter der Prospero Presse und von 1998 bis 2003 des Pendo Verlags. Von 2003 bis 2013 war Piper Gesellschafter der literarischen Agentur Piper & Poppenhusen. Seit 2014 betreibt er die Literaturagentur Ernst Piper.
Im November 2023 verließ Ernst Piper PEN Berlin.[2] Ende Oktober 2024 gab Piper seinen Austritt aus der SPD bekannt. Grund sei die „Rehabilitierung“ Gerhard Schröders durch Generalsekretär Matthias Miersch sowie das Eingehen der SPD Brandenburg auf Forderungen des BSW.[1]
Diese Vergangenheit nicht zu kennen, heißt, sich selbst nicht zu kennen. Deutsche Geschichte im Zeitalter der Extreme. Ch. Links Verlag, Berlin 2022, ISBN 978-3-96289-150-3.[4]