BioJava

BioJava
Basisdaten
Erscheinungsjahr	1999[1]
Aktuelle Version	7.2.2[2] (20. März 2025)
Programmier­sprache	Java[3]
Lizenz	GNU LGPL[4]
biojava.org

BioJava ist ein Programmier-Framework in der Bioinformatik für die Programmiersprache Java. Es ist unter der GNU Lesser General Public License veröffentlicht. Es wird von Freiwilligen entwickelt und untersteht der Schirmherrschaft der Open Bioinformatics Foundation.^[5] Es wurde von Mitarbeitern des Wellcome Trust Sanger Institute um die Jahrtausendwende erstmals vorgestellt.^[6]

Zu den stabilen Programmierschnittstellen zählen die Protein- und Nukleinsäure-Nomenklatur, ein Parser für Ausgabeformate des BLAST-Algorithmus, Lesen/Schreiben von Gensequenzierungsdaten sowie die Manipulation von Sequenzen, genetische Algorithmen, statistische Verteilungen, grafische Oberflächen und Serialisierung in Datenbanken.^[5] Zudem erlaubt es den Vergleich von Proteinstrukturen, die Detektion von Proteinmodifikationen und die Vorhersage von ungeordneten Bereichen sowie das Sequenzalignment. Zudem unterstützt es gängige bioinformatische Dateiformate wie das FASTA-Format.^[7] Mit Version 5 wurde Protein-Assemblierung und Rekonstruktion von Proteinstruktur mittels Kristallstrukturanalyse ergänzt.^[8]

• Madhavi P. Bhongale, Renu Vyas: Role of BioJava in the Department of Bioinformatics Tools. In: Advances in Bioengineering. Springer, Singapore 2020, ISBN 978-981-15-2063-1, S. 29–49, doi:10.1007/978-981-15-2063-1_2. 
• Kaladhar D. S. V. G. K.: BioJava: A Programming Guide. LAP Lambert Academic Publishing, Köln 2012, ISBN 978-3-659-16750-8, doi:10.5555/2385914. 

• offizielle Website (englisch)
• BioJava auf GitHub

1. ↑ Holland, R.C.G., Down, T., Pocock, M., Prlic, A., Huen D., James K., Foisy, S., Dräger, A.,Yates, A., Heuer M., and Schreiber, M.J.: BioJava Project Update. (PDF) In: Bioinformatics Open Source Conference. 2008.
2. ↑ Release 7.2.2. 20. März 2025 (abgerufen am 23. August 2025).
3. ↑ The biojava Open Source Project on Open Hub: Languages Page. In: Open Hub. (abgerufen am 18. Juli 2018).
4. ↑ The biojava Open Source Project on Open Hub: Licenses Page. In: Open Hub. (abgerufen am 18. Juli 2018).
5. ↑ ^{a b} R. C. G. Holland, T. A. Down, M. Pocock, A. Prlić, D. Huen, K. James, S. Foisy, A. Dräger, A. Yates, M. Heuer, M. J. Schreiber: BioJava: an open-source framework for bioinformatics. In: Bioinformatics (Oxford, England). Band 24, Nr. 18, 15. September 2008, ISSN 1367-4811, S. 2096–2097, doi:10.1093/bioinformatics/btn397, PMID 18689808, PMC 2530884 (freier Volltext). 
6. ↑ Matthew Pocock, Thomas Down, Tim Hubbard: BioJava: open source components for bioinformatics. In: ACM SIGBIO Newsletter. Band 20, Nr. 2, 1. August 2000, ISSN 0163-5697, S. 10–12, doi:10.1145/360262.360266. 
7. ↑ Andreas Prlić, Andrew Yates, Spencer E. Bliven, Peter W. Rose, Julius Jacobsen, Peter V. Troshin, Mark Chapman, Jianjiong Gao, Chuan Hock Koh, Sylvain Foisy, Richard Holland, Gediminas Rimsa, Michael L. Heuer, H. Brandstätter-Müller, Philip E. Bourne, Scooter Willis: BioJava: an open-source framework for bioinformatics in 2012. In: Bioinformatics (Oxford, England). Band 28, Nr. 20, 15. Oktober 2012, ISSN 1367-4811, S. 2693–2695, doi:10.1093/bioinformatics/bts494, PMID 22877863, PMC 3467744 (freier Volltext). 
8. ↑ Aleix Lafita, Spencer Bliven, Andreas Prlić, Dmytro Guzenko, Peter W. Rose, Anthony Bradley, Paolo Pavan, Douglas Myers-Turnbull, Yana Valasatava, Michael Heuer, Matt Larson, Stephen K. Burley, Jose M. Duarte: BioJava 5: A community driven open-source bioinformatics library. In: PLOS Computational Biology. Band 15, Nr. 2, 8. Februar 2019, ISSN 1553-7358, S. e1006791, doi:10.1371/journal.pcbi.1006791, PMID 30735498, PMC 6383946 (freier Volltext).