Der Bezirk wurde am 17. Dezember 1930 aus Teilen des Rajon Enbekschi-Kasak und des aufgelösten Rajon Karkara gebildet; Verwaltungssitz wurde der Ort Kegen. 1935 wurden Teile des Bezirks dem neu gebildeten Rajon Uigur angegliedert. 1943 wurde der Sitz der Bezirksverwaltung in das Dorf Schalagasch verlegt. 1963 wurde Kegen erneut zum Verwaltungszentrum des Bezirks.
Nach der Unabhängigkeit Kasachstans von der Sowjetunion wurde der Audan Kegen im Zuge einer großen Gebietsreform am 23. Mai 1997 aufgelöst und sein Territorium dem Audan Raiymbek angegliedert. Am 2. April 2018 wurde der Bezirk wieder geteilt und der Audan Kegen erneut ein eigenständiger Bezirk.
Bevölkerung
Bei der letzten Volkszählung 2021 lebten 29.003 Menschen im Audan Kegen. Die Fortschreibung der Bevölkerungszahl ergab zum 1. Januar 2023 eine Einwohnerzahl von 28.323.