1948 wurde er einer der leitenden ÖGB-Sekretäre, 1959 Vizepräsident und schließlich am 5. ÖGB-Kongress (23.–27. September 1963 in Wien) Präsident des Gewerkschaftsbundes; seine Wahl erfolgte am 27. September 1963 einstimmig.[1] Dieses einflussreiche Amt hatte er bis zum 11. ÖGB-Kongress (5.–9. Oktober 1987) inne und war – wie seine ÖVP-Gegenspieler Erwin Altenburger und Rudolf Sallinger – ein bedeutender Verfechter der Sozialpartnerschaft, die für Österreichs politisch-wirtschaftliche Entwicklung entscheidend war. Bekannt ist die nach Benya benannte Benya-Formel zur Lohnfindung, nach der sich die Lohnerhöhung an Inflations- und Produktivitätserhöhung orientieren solle.
Zwischen 1956 und 1986 war Benya Abgeordneter zum Nationalrat und vom 4. November 1971 bis 17. Dezember 1986 der am längsten dienende Erste Nationalratspräsident der Republik Österreich. In dieser Zeit galt er neben Bruno Kreisky, der seit 1970 die SPÖ-Alleinregierung führte, als wichtigster Politiker der Sozialistischen Partei. Als solcher bemühte er sich – zusammen mit Kreisky – um eine Aussöhnung zwischen sozialdemokratischer Arbeiterschaft einerseits und der katholischen Kirche anderseits, worin ihm der Wiener Erzbischof, Kardinal Franz König, entgegenkam.
Benya war von 1990 bis 1993 Präsident des SK Rapid Wien und ab 1993 dessen Ehrenpräsident.[2] Bezüglich dieser Funktion, aber auch bezüglich jener des langjährigen Präsidenten des Aufsichtsrates des Unternehmens Konsum Österreich, wurde gelegentlich Kritik an seiner wirtschaftlichen Leitungskompetenz laut.
Zu Ehren von Anton Benya wurden der von der Arbeiterkammer Wien verwaltete Anton-Benya-Park in Wieden und das Anton Benya Haus in der Arndtstraße 65–67 (Meidling) benannt. Im Jahr 2017 wurde in Meidling an der Südbahn nahe dem Südwestfriedhof die Benyastraße nach ihm benannt.
Seine vielen Präsidentschaften (u. a. Rapid Wien, ÖGB, Nationalrat) brachten ihm den Beinamen „der Präsident“ ein.