Albertinenaue wurde erstmals im Jahr 1722 als „Loisen-Hoff“ urkundlich erwähnt. Dieselbe Urkunde benennt als Bewohner des Dorfes einen Hofmann und einen Häusler („Hausmann“). Damals diente Albertinenaue als Vorwerk für das benachbarte Pohsen. 1867 wurde der Hof durch den damaligen Amtsmann Albert Julius Kniehase zu Ehren seiner Frau Caroline Albertine Merten in „Albertinenaue“ umbenannt.
Ab 1891 umfasste das Vorwerk etwa 180 Hektar Land und gehörte zum Rittergut Pohsen. 1895 hatte es 15 Einwohner. Im Jahr 1921 kaufte der Fabrikbesitzer Emil Rumsch das Gut Albertinenaue. Dieses umfasste zu diesem Zeitpunkt etwa 85 Hektar Ackerland, 15 Hektar Wiesen- und Weideland, vier Hektar Wald und weitere vier Hektar Umland. Durch Verkäufe und Gebietsaufteilungen schrumpfte die Fläche des Gutes bis 1929 auf 75 Hektar. Später erbaute Rumsch in Albertinenaue ein Wirtschaftshaus, welches im Zweiten Weltkrieg allerdings zerstört wurde. Eine Neißebrücke des Dorfes wurde gegen Ende des Zweiten Weltkrieges von der Wehrmacht zerstört, um das Voranschreiten der Roten Armee zu behindern. Am 15. Februar 1945 marschierten Truppen der Roten Armee in der Umgebung ein, Albertinenaue wird dabei beinahe vollständig zerstört.
Nach dem Krieg wurde der Hof wieder aufgebaut. In der Folgezeit hielt die Familie hier Pferde, Schweine und Kühe. Zudem kamen Flüchtlinge aus den ehemaligen deutschen Ostgebieten als neue Bewohner hinzu. 1953 wurde das Gut enteignet.[1] Die Brücke über die Neiße wurde notdürftig wieder hergerichtet.
Zur Zeit der Sowjetischen Besatzungszone lag Albertinenaue zwei Jahre im Landkreis Cottbus. Am 25. Juli 1952 wurde das Dorf dem neu gebildeten Kreis Guben im Bezirk Cottbus zugeordnet. Zum 1. Februar 1974 kam Albertinenaue im Zuge der Eingemeindung von Taubendorf in die Gemeinde Groß Gastrose. Nach der Wende lag Albertinenaue zunächst im Landkreis Guben und wurde mit der brandenburgischen Kreisreform vom 6. Dezember 1993 dem Landkreis Spree-Neiße zugeordnet. Am 28. Mai 1998 wurde Albertinenaue der neu gebildeten Gemeinde Gastrose-Kerkwitz angeschlossen. Am 26. Oktober 2003 wurde diese Gemeinde wieder aufgelöst und Albertinenaue kam zunächst als Wohnplatz von Taubendorf an die Gemeinde Schenkendöbern. Am 14. Oktober 2010 wurde Albertinenaue zu einem bewohnten Gemeindeteil aufgestuft.[2]
