Der African Cup Winners’ Cup 2003 war die 29. Spielzeit des zweitwichtigsten afrikanischen Wettbewerbs für Vereinsmannschaften im Fußball unter dieser Bezeichnung. Die Saison begann mit der Vorrunde am 16. Februar 2003 und endete mit den Finalspielen im November und Dezember 2003. Titelverteidiger war der marokkanische Verein Wydad Casablanca.
Da sich Masvingo United vor dem Hinspiel aus dem Wettbewerb zurückzog, rückte ANSE Réunion automatisch in die nächste Runde. Masvingo United wurde für drei Jahre gesperrt.
Erste Runde
Die Hinspiele wurden vom 12. bis zum 13. April, die Rückspiele vom 25. bis zum 27. April 2003 ausgetragen.
Da Mighty Blue Angels FC Spielerlizenzen nicht fristgerecht einreichte und folglich disqualifiziert wurde, rückte Asante Kotoko SC automatisch in die nächste Runde.