Am Morgen des 30. Juni 2006 wurde Sevilla zusammen mit Jan Ullrich und dessen Betreuer Rudy Pevenage von der Teamleitung von T-Mobile suspendiert, er konnte daher nicht bei der Tour de France 2006 antreten. Zur Suspendierung kam es aufgrund neuer Fakten im Dopingskandal Fuentes. Sevilla und Ullrich hatten eine Verstrickung stets geleugnet. Die spanische Justiz hatte jedoch Dokumente übergeben, die nach Auskunft der T-Mobile-Leitung ernste Zweifel am Wahrheitsgehalt der Unschuldsbeteuerungen der beiden Fahrer ließen.[1] Am 21. Juli wurde Ullrich und Sevilla gekündigt.[2]
Nachdem im Oktober 2006 vom spanischen Verband bis auf weiteres die Ermittlungsverfahren gegen die verdächtigten Radsportler eingestellt wurden,[3][4] erhielt Sevilla zu Beginn der Saison 2007 einen Vertrag bei Professional Continental TeamRelax-Gam.
2008 und 2009 fuhr er für das US-amerikanische Team Rock Racing. Anfang 2010 wechselte Sevilla, der in Kolumbien lebt, zu einem kleinen kolumbianischen Team. Im August 2010 wurde er bei der Vuelta a Colombia positiv auf ein Präparat getestet, das das Blutvolumen steigert, und wurde vom Weltradsportverband Union Cycliste Internationale (UCI) daraufhin suspendiert.[5] Nachdem der spanische Radsportverband Sevilla für sechs Monate bis zum 21. Februar 2012 sperrte, rief die UCI im November 2011 den Court of Arbitration for Sport (CAS) mit dem Ziel an, die Regelsperre von zwei Jahren zu verhängen.[6] Der CAS erhöhte die Sperre im Mai 2012 auf 12 Monate und erkannte alle Erfolge ab der Kolumbienrundfahrt 2010 ab.[7]
Nach Ablauf seiner Dopingsperre fuhr Sevilla weiterhin für kolumbianische Teams und konnte 2012 die Vuelta Mexico sowie 2013 und 2014 die Vuelta a Colombia gewinnen. Außerdem gewann er 2017 mit der Gesamtwertung der Madrid-Rundfahrt zum ersten Mal seit 2007 ein internationales Rennen auf dem europäischen Kontinent.
