Wilster er oprindeligt en hollandsk bosættelse og benyttede også op til 1282 den hollandske lov. Byen fik lübske stadsrettigheder, følge nogle i år 1240 af grev Gerhard I, ifølge andre i 1282 af grev Gerhard II. I et dokument af kong Christian I dateret 2. november1470, der introducerede Holstens lov i Wilstermarsch og Krempermarsch i stedet for hollandsk, blev Wilster eksplicit undtaget af hensyn til dens stadsrettigheder. Muligvis har der ligget en fæstning her, eftersom en senere næsten tilmudret grøft ved kirkegården blev kaldt "Borggraven" og omgav en stor del af den gamle bydel.[1]
Byen havde i slutningen af 1590-erne 50 ølbryggerier ud af 340 borgere[2] og 26 skibe.[3] Wilster deltog i handelen på Østersøen: gennemsejlende skibe registreres i Øresund i 1569, 1575-79, 1581, 1588-89 og 1597 med 13 skibe[4], idet byen var fritaget for sundtold.[5] Mens Krempe efter 1600 oplevede en nedgang i skibsfarten på grund af tilmudringsproblemer, udviklede Wilster sig til en voksende rival til Itzehoe.[6] Byen handlede også med Lübeck[7] skønt Hamborg fra 1580 hævdede stabelret for Elbmarsken, herunder Wilster marsk.[8] Wilster handlede også med Bremen og Stade,[9] men i 1570 klagede Wilster over, at folk fra Bremen drev handel i Wilstermarsken.[10]
Byens befolkningsudvikling i løbet af 1800-tallet: den havde 1.791 indbyggere i 1803[12], 2.622 indbyggere i 1835[12], 2.779 indbyggere i 1840[12], 2.871 indbyggere i 1845[13][14], 3.047 indbyggere i 1855[13][14] og 3.056 indbyggere i 1860.[14]
I 1832 hærgede kolera her i fire uger og ramte 98 indbyggere.[1]
De hjemmehørende handelsskibes antal og læstedrægtighed fremgår af nedenstående tabel[15][16]:
Wilster fik jernbaneforbindelse i 1878, og takket være en voksende efterspørgsel efter landbrugsvarer, oplevede byen en blomstringstid, som varede til 1. verdenskrig. Efter krigen oplevede byen derimod en krise med afvandring.
Byen havde 4.194 indbyggere i 1925 og amtsdomstol, fabrikation af læder, likør og tobak, drev kvægavl og havde store markeder.
Wilhelm Sager: Heere zwischen den Meeren - Heeres- und Kriegsgeschichte Schleswig-Holsteins. Husum Druck- und Verlagsgesellschaft. Husum. 2003, ISBN3-89876-113-4,