Ministeriet blev oprettet ved SR-regeringens tiltrædelse i januar 1993 under navnet Forsknings- og Teknologiministeriet, men ændrede allerede i 1994 navn til Forskningsministeriet. I 2000 blev navnet atter ændret; denne gang til IT- og Forskningsministeriet. I 2001 blev navnet ændret nok en gang, nu til Ministeriet for Videnskab, Teknologi og Udvikling (ofte blot Videnskabsministeriet). Ressortområdet blev udvidet i 2001, således at ministeriet også fik ansvaret for universiteter, erhvervsforskere samt teknologi- og innovationspolitik. I 2011 ændredes navnet til Ministeriet for Forskning, Innovation og Videregående Uddannelser samtidig med, at der overførtes forskellige forhold vedrørende videregående, kunstneriske og maritime uddannelser. Endeligt i 2014 skiftede ministeriet navn til det nuværende: Uddannelses- og Forskningsministeriet.[2]