Ved Fyrst Joachim Ernsts død i 1586 arvede Rudolf det forende fyrstendømme Anhalt i fællesskab med sine seks brødre i overensstemmelse med Huset Askaniens familieregler, der ikke tillod nogen deling af territorier mellem arvinger. Da de yngre brødre stadig var mindreårige ved faderens død, fungerede den ældste søn Johan Georg som regent på deres vegne.