Jan Huyghen van Lindschoten lærte købmandserhvervet hos sine brødre i Portugal og Spanien. Han besøgte i 1581-89 Goa, hvor han var sekretær for ærkebiskopFrei Vicente da Fonseca, og foretog derfra flere rejser til det portugisiske Ostindien.
Han deltog 1594-95 på en ekspedition til Karahavet.
Linschoten er kendt som forfatter til Itinerario, voyage ofte schipvaert naer Ooost ofte Portugals Indie (1596, nyutgave 1910).
Linschotenøerne er opkaldt efter ham. I 1908 blev Linschoten-Vereeniging oprettet med det formål at offentliggøre ældre nederlandsk geografisk litteratur.
Litteratur
Van Linschoten, Jan Huyghen. The Voyage of John Huyghen van Linschoten to the East Indies, Elibron Classics, 2001, 368 pages, ISBN1-4021-9507-9, Replica of 1885 edition by the Hakluyt Society, London
Van Linschoten, Jan Huyghen. Voyage to Goa and Back, 1583–1592, with His Account of the East Indies : From Linschoten's Discourse of Voyages, in 1598/Jan Huyghen Van Linschoten. Reprint. New Delhi, AES, 2004, xxiv, 126 p., $11. ISBN81-206-1928-5.
Portugisisk Fust i Itinerario af Jan Huygen van Linschoten
Terceira (Azuren) i Itinerario af Jan Huygen van Linschoten
Kort af Willem Barentsz' første rejse af Jan Huygen van Linschoten
Itinerario, voyage ofte schipvaert, naer Oost ofte Portugaels Indien inhoudende een corte beschryvinghe der selver landen ende zee-custen - Beschryvinghe van de gantsche custe van Guinea - Reys-gheschrift vande navigatien der Portugaloysers in Orienten