Han er især kendt for sine arkitektoniske akvareltegninger af postmodernistiske bygninger, ofte baseret på mytologiske motiver. Han udførte også arkitektonisk designarbejde, fx en plakat til Kodak og DSB's årsplakat[2]. I 1985 tegnede han en Vesterport byport[3][4] til København, som stod på Strøget ved Københavns Rådhusplads.
I 1987 tegnede han en 26 meter lang tredimensionel frise til den centrale Slotsplads for Randers (frisen blev restaureret og genophængt i 2013). Han har også designet plakater, postkort, møbler, tekstiler, smykker, indretningsdesign og teaterscenografi (Maria Stuart for Teatret ved Sorte Hest[5]).
Hans arbejde blev bestilt af og udstillet i mange moderne kunstmuseer, herunder Centre Georges Pompidou[7], Paris1984 og for Homo Decorans på Louisiana Museum for Moderne Kunst i 1985. Lohse udgav adskillige artikler om arkitektur (se afsnittet Publikationer nedenfor) og var sammen med Mette Winge forfatter til bogen Hvor smiler fager, en litterær guide til Danmark (1994).[8]
Privat
Han blev først gift 1. juli1967 i Holte med Bente Susanne Schaltz (født 1. juni 1945 i Odense), men ægteskabet blev opløst 1. maj1979. Ernst Lohse blev kort før sin død gift med sin samlever, Claus Philipsen.