Bovenau er en kommune og en by i det nordlige Tyskland, beliggende i Amt Eiderkanal i den centrale del af Kreis Rendsborg-Egernførde. Kreis Rendsborg-Egernførde ligger i den centrale del af delstaten Slesvig-Holsten.
Bovenau ligger ca. 10 km øst for Rendsborg ved Bundesautobahn 210 fra Rendsborg mod Kiel. Nord for byen ligger den tidligere Ejderkanal med slusen ved Kluvensiek og Kielerkanalen.