Cyrhaeddodd y Slafiaid y darn hwn o dir, a elwir yn Slofacia heddiw, yn y 5ed a'r 6g. Yn y 7g, chwaraeodd y Slafiaid ran allweddol yn y gwaith o greu Ymerodraeth y Samo, ac eilwaith yn 9g gan sefydlu a ffurfio Tywysogaeth Nitra. Concrwyd Nitra'n ddiweddarach gan Dywysogaeth Moravia a'i galw'n "Moreafia Fawr". Yn y 10g, pan ddaeth Morafia fawr i ben unwyd hi â Thywysogaeth Hwngari i ffurfio Brenhiniaeth Hwngari yn 1000.
Yn 1241-2, difethwyd llawer o'r trefi a'r pentrefi gan y Mongolwyr, wrth iddynt geisio goresgyn Canol a Dwyrain Ewrop. Adferwyd llawer o'r wlad gan Béla IV o Hwngari, a daeth llawer o bobl a siarai Almaeneg-Cipszer, gan sefydlogi ychydig ar y wlad, yn enwedig yng Nghanol a Dwyrain Slofacia.
Mae Slofacia'n gowedd rhwng lledred 47° a 50° Gogledd, a hydred 16° a 23° Dwyrain. Yn gyffredinol, gellwir dweud mai ardal fynyddig yw'r tirwedd, gyda Mynyddoedd y Carpatiau (2,655 m (8,711 tr)) yn ymestyn ar draws hanner gogleddol y wlad. Ymhlith y copaon uchaf mae Fatra-Tatra sy'n cynnwys Mynyddoedd y Tatra, y Veľká Fatra a'r Slovenské rudohorie. Yr iseldir mwyaf yw Iseldir y Danube yn y de-orllewin, gydag Iseldir Dwyrain Slofacia'n dynn wrth ei sodlau. Mae 41% o Slofacia'n goedwigoedd.