Yn 1611 rhoddodd bregeth gyda'r brenin Iago I/VI yn bresennol, a gwnaeth gryn argraff arno. Yn 1612 aeth yn gaplan i'r arglwydd-ganghellor Ellesmere, ac yn 1620 daeth yn ddeon Abaty Westminster. Y flwyddyn wedyn apwyntiwyd ef yn esgob Lincoln, ac yn fuan wedyn daeth yn Arglwydd Ganghellor.
Roedd John Williams yn uchel yn ffafr y brenin Iago, ond nid oedd ei berthynas gyda'i fab, Siarl I cystal. Diswyddwyd ef fel Arglwydd Ganghellor yn 1625. Roedd ffefrynnau Siarl, Buckingham a Laud, yn elynion iddo, ac yn 1637 taflwyd ef i garchar, lle bu hyd 1640. Y flwyddyn honno, rhyddhawyd ef a daeth yn gynghorydd i Siarl, ac yn 1641 daeth yn Archesgob Efrog.
Dychwelodd i ogledd Cymru yn 1642, a threfnodd i atgyweirio Castell Conwy ar ei gost ei hun a'i amddiffyn dros blaid y Brenin. Gwaethygodd ei berthynas gyda phlaid y Brenhinwyr, fodd bynnag, ac ym Mai 1645 cafodd ei droi allan o'r castell Syr John Owen, Clenennau. Trodd Williams i gefnogi'r Senedd, a chynorthwyodd y Seneddwyr i ymosod ar Gonwy yn Awst 1646.
Bu farw yn 1650 yn y Gloddaeth, cartref teulu Mostyn, a chladdwyd ef yn eglwys Llandygai.
John Williams, Archesgob Efrog
John Williams; darlun allan o A tour in Wales gan Thomas Pennant (1726-1798)
Lleoliad cartref John Williams, heddiw, yng Nghonwy.
