Stanice byla vybudována jakožto součást Dráhy císaře Františka Josefa (KFJB) spojující Vídeň, České Budějovice a Plzeň, roku 1872 prodloužené až do Chebu na hranici Německa, podle typizovaného stavebního návrhu. 1. září 1868 byl s místním nádražím uveden do provozu celý nový úsek trasy z Českých Budějovic do Plzně.
15. října 1893 otevřela společnost Místní dráha Strakonice–Vimperk železniční spojení své trati s Vimperkem, které bylo roku 1900 již pod hlavičkou společnosti Sdružené pošumavské místní dráhy po úsecích prodlouženo až do Volar. 11. června 1899 pak projekt společnosti Místní dráha Strakonice-Blatná-Březnice spojil Strakonice s již postavenou železnicí v Březnici. KFJB byla zestátněna roku 1894, provoz ve stanici převzaly Císařsko-královské státní dráhy (kkStB), po roce 1918 pak Československé státní dráhy. Sdružené pošumavské místní dráhy byly zestátněny roku 1925.
Elektrický provoz z Plzně do Strakonic byl zahájen 22. června 1966.
V letech 2019–2021 prošla nádražní budova rekonstrukcí.[2]
Popis
Všechny tratě procházející stanicí jsou jednokolejné. V roce 2018 byla dokončena úprava kolejiště ve stanici: nachází se zde dvě krytá ostrovní nástupiště s podchodem a bezbariérovými výtahy.[1] Nádraží je součástí dopravního terminálu a je stavebně spojeno s městským autobusovým nádražím.