Byl značně kritický k Tisovu režimu a ostře se stavěl proti jeho protižidovskému tažení, což bylo jednou z hlavních příčin otevřeného nepřátelství mezi řeckokatolickou církví a slovenskou vládou.[zdroj?]
V dopise, který odeslal pověřenci Burziovi v květnu 1942, vyzývá Svatý stolec, aby přiměl Tisa buďto k zastavení ukrutností páchaných na Židech, nebo (pokud by to nebylo možné) jej buďto přiměl odstoupit z čela Slovenského státu, nebo zbavil kněžství. Z dopisu je zřejmé, že tehdy ještě nevěděl, že jsou deportovaní Židé vyvražďováni.[1]
Gojdič později opakovaně veřejně protestoval proti ukrutnostem páchaných na Židech a vydávání Židů do rukou Třetí říše a tajně instruoval kněze a kláštery, aby Židům pomáhali a ukrývali je.
Gojdič zachránil přinejmenším sedmadvacet Židů tím že je pokřtil nebo jim zajistil ukrývání v řeckokatolickém klášteře.[2]
Eparcha v čase komunismu
Po únoru 1948 se postavil na odpor rozhodnutí KSČ spojit řeckokatolickou církev s pravoslavnou, v roce 1949 byl Gojdičovu ordinariátu přidělen vládní zmocněnec a on sám byl fakticky v domácím vězení.[3]
V roce 1950 zahájila československá vláda a její bezpečnostní složky akci P, během níž pozatýkaly řadu řeckokatolických duchovních včetně Pavola Gojdiče. Vyvrcholení akce přišlo 28. dubna1950, kdy proběhl „Prešovský lžisobor“, biskup Gojdič byl zatčen a odvezen do internace a řeckokatolická církev byla násilím sloučena s pravoslavnou církví.[4]
V lednu roku 1951 byl spolu s dalšími duchovními (Ján Vojtaššák, Michal Buzalka) odsouzen ve vykonstruovaném procesu k doživotnímu vězení, ztrátě všech občanských práv a zaplacení pokuty ve výši 200 000 Kčs za údajnou velezradu a špionáž (rozsudek byl v plném rozsahu zrušen až v roce 1990).
Během následného krutého věznění mu bylo přislíbeno propuštění, pokud uzná spojení s pravoslavnou církví a (údajně) mu byl nabízen i post patriarchy. Odmítl. Zemřel na následky mučení a krutého věznění v den svých 72. narozenin ve věznici Leopoldov.
↑HES, Milan. Dny strachu - Osudy ukrývaných Židů na Slovensku v časech vlády Jozefa Tisa. Praha: Epocha, edice Magnetka, 2013. ISBN978-80-7425-193-1. S. 136.
Biskup, který odmítl zrušit svoji církev Pořad Českého rozhlasu Plus, podrobné informace o životě biskupa Gojdiče, unikátní ukázka jeho hlasu, citace z dokumentů.