Narodil se do rodiny pardubického soustružníka Jana Trnky a Anny, rozené Šmidové. Absolvoval reálku v rodných Pardubicích a Českou techniku v Praze. Pak nastoupil do státních služeb. Působil jako technik na výstavbě železnic v alpských zemích. Od roku 1907 nastoupil na ministerstvo železnic jako vrchní technický rada. Po jednom roce přešel na post ředitele státní dráhy. Ministr železnic ho jmenoval sekčním šéfem. Zde ale setrval jen krátce, protože se stal přímo členem vlády.[2][3][4]
Po rozpadu Rakouska-Uherska bydlel ve Vídni. Snažil se nastoupit do státních služeb Československa. Pomýšlel na post ministra železnic nebo sekčního šéfa ministerstva. Vzhledem k jeho dlouhé vládní angažovanosti ve vídeňských vládních strukturách, ale nebyl jeho zájem v popřevratové Praze vyslyšen. Až 25. června 1919 nakonec získal československý pas a byl jmenován generálním ředitelem Dunajské paroplavební společnosti se sídlem v Bratislavě. Téhož dne byl přejet poštovním automobilem na vídeňské Ringstraße. Těžce raněn byl četníkem odnesen do vestibulu hotelu Bristol, kde svým zraněním podlehl.[7][2][3]
V rodných Pardubicích po něm bylo pojmenováno nynější Legionářské náměstí (poprvé neslo jméno Trnky v letech 1912–1918, podruhé od roku 1940 do konce války).[2]
↑ abcPardubice dvakrát vymazaly jméno Otakara Trnky z názvu náměstí, Ing. dr. h. c. Otakar Trnka (1871-1919) (Otištěno 10. prosince 2012 v Týdeníku PERNŠTEJN) [online]. volny.cz [cit. 2013-03-12]. Dostupné online.